环保部称，“十二五”期间预计需要国家在环境保护科技领域投入经费约220亿元。这一估算并不包括地方配套、企业投入和国际合作资金。
6月28日，环保部网站公布了《国家环境保护“十二五”科技发展规划》。该规划称，“十二五”期间重点领域科研业务费需要210亿元，重点实验室、工程技术中心和野外观测研究站等能力建设经费需要10亿元。
长期以来，中国在环保科技领域投入不足。直到“十一五”期间，这一局面才有明显改观。其中，最大的一笔投入来自水专项。2007年12月，水专项实施方案通过国务院常务会议审议。这是中国面向2020年的16个科技重大专项(大飞机制造、转基因育种等)之中，惟一由环保部牵头主持的项目。
“十一五”期间，水专项中央财政投入预算45.43亿元，总体资金投入则为112.66亿元。
环保部表示，为有效实施该规划，要大力开拓和充分利用各种资金渠道。除了水专项，资金来源还将包括国家科技计划经费，公益性行业科研专项经费，中央预算内专项资金，部门、行业和地方合作经费等。
环保部还强调，将加大知识产权保护力度，维护市场公平竞争，保护企业自主开发环境技术和产品的积极性。引导企业加大环境科技投入，鼓励企业自筹资金参与国家和地方环境保护科研项目。