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《科学》:首次不使用酶扩增得到目的DNA序列

2007.11.21

来自加州理工大学计算与神经系、牛津大学物理学系和贝尔实验室(Bell Laboratories)的研究人员在DNA环路(DNA-based circuits)设计上获得了一项重要的飞跃性成果:首次不使用酶扩增得到目的DNA序列,这是迈向创造细胞内人工生化环路(artificial biochemical circuits)的重要进步。这一研究成果公布在《科学》杂志上。
 
德州大学的Andrew Ellington认为,“他们获得了一种DNA的程序性语言,一种软件”,这项工作是“跨越之前研究的一种重大进步。”
 
科学家们之前利用DNA构建人工生化环路,但是这些网络通常只能设计用来执行一种功能,Ellington说,“这些只是一些执行一项特殊任务或解决一个特殊问题的机器。”
 
而在这一新研究中,文章第一作者、加州理工大学的David Yu Zhang表示,“我们发现了一种能设计出任何你想要的序列的方法。”
 
Zhang和其同事利用基于6个短小的,单链的DNA片段碱基互补创造了一个反应网络,每一个DNA链的位点都决定了这一环路成分是如何相互作用的。每一个反应中一个DNA催化剂被绑定在一个互补DNA链上,置换两个另外的链,由于这导致了整体的混乱性,因此反应是热力学相关的,不同于生物催化,这种发应是不需要酶的。
 
利用这一系统,研究人员获得了两种在天然生物调控网络中发现的信号扩增类型,从而他们创造了一种反馈扩增系统,这种系统中一个反应的产物催化其原来的反应,研究人员认为,这样的自催化系统最终能变成一种不需要酶的“PCR反应”。另外研究人员也进行了扩增目的DNA片段的系列反应,Zhang说,“我们能放大这些催化剂的作用,进行系列扩增,就像是信号传导体系。”
 
虽然这一项工作是在DNA中进行的,但这一系统也可以用于RNA或人工核苷酸,最终,这一类研究的目的就是创造出平行于生物细胞网络的独立系统。这些人工合成的环路能检测出细胞功能中的遗传,能启动“一些只针对这一细胞的治疗性行为”的应答。

文章作者也表示这些环路在动物RNA和细胞溶解产物存在的情况下也能正常行使功能,这是一项重要的证明,因为如果这些环路要在细胞中起作用,那么就不能受到这些物质的干扰。
 
这一研究新发现的这一体系相比于之前的研究结果,更简单,作用也更强,韦恩州立大学(Wayne State University)的John SantaLucia认为,这一系统也许并不适用于DNA计算之类的技术,因为这些技术需要非常复杂的计算,但是对于“细胞中的简单计算”之类技术却很适用。


 

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