肠道菌群也能检测结直肠癌突变？
近期在美国人类遗传学协会（ASHG）2015年会上发布了一项研究结果。研究发现，肠道菌群的构成和数量与结直肠癌的突变存在相关性。研究人员认为，将来对大便样本进行菌群的构成和数量的分析就可以确定结直肠癌的突变类型。控制肠道菌群有可能预防和治疗结肠癌。
据一项最新研究显示，结肠癌肿瘤组织周围的菌群分析可作为无创筛查的一种方法，并且该方法比大便隐血检测更具有敏感性和特异性。该研究发布在美国人类遗传学协会（ASHG）2015年会上。
“该检测可能具有决定性的意义，因为每个肿瘤都可能会有不同的突变谱以及不同的基因突变，而该突变则可能对周围菌群产生影响。”明尼苏达大学的Ran Blekhman博士介绍道。
Blekhman博士团队分析了健康的结肠细胞和结直肠癌患者的肿瘤细胞的基因差异，然后发现特定的肿瘤突变与特定的肠道菌群情况相关。比如，在携带APC基因突变的人群中，家族性腺瘤性息肉病（一种遗传性癌症综合征）与梭杆菌属大量出现存在强相关。
他指出，他们实验室是第一个对特定肿瘤突变与肿瘤周围微生物环境的构成进行相关性分析的实验室。
突变更多，菌群的多样性也更大
研究人员使用全基因组测序来分析肿瘤细胞的蛋白质编码区，以及肿瘤活检标本和正常结肠组织标本中菌群的细菌特征。标本来自于44位成年结肠癌患者。他们发现，肿瘤细胞的突变越多，周围菌群的细菌种类就越多。并且对于特定基因，体细胞突变与特定菌种的数量存在相关性。
同时，在通路水平上也存在细菌与肿瘤的相关性证据。肿瘤细胞中检测到的葡萄糖转运途径的功能丧失突变与菌群高水平的能量利用率强相关。这说明肿瘤细胞和附近的细菌在竞争人体内的资源。
研究人员开发了一个风险指数，用以评估已知的肿瘤驱动基因突变与微生物的相关性。该指数可以准确的预测ZFN717的功能丧失突变。ZFN717是编码一种锌指核酸酶的基因，这种酶是参与基因修复的一个酶家族的成员。
这项研究使仅通过分析粪便样本就可以对肿瘤进行基因水平上的分类变成了可能。理论上讲，这意味着对肿瘤微环境的管理有可能用于预防或治疗结肠癌。Blekhman博士解释道。
埃默里大学医学院的Chris Gunter博士表示，该项研究在某种程度上揭示了癌症“隐藏的遗传性”：“如果你看一下他们的癌症测序研究，就会看到他们又发现了10个可能的驱动基因。我们尚不能预测所有的驱动基因和过路基因会起怎样的作用。如果这类研究可以帮助我们缩小需要研究的基因的范围，我们就应该好好思考一下它对于我们理解肿瘤发展的意义。”
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综述
