Nature子刊发布单色靶向测序法
最近，研究人员开发出一种新的边合成边测序（sequencing-by-synthesis）方法，这种方法可让你在非常熟悉的平台上更快、更划算地进行靶向临床测序。相关研究结果发表在最近的《自然通讯》杂志（Nature Communications）。
新一代测序（NGS）技术通过降低测序的成本，已经彻底改变了基因组研究。然而，全基因组测序用于诊断目的，仍然是昂贵和复杂的。在临床上，靶向测序的优势是，能够让研究人员集中在疾病相关的基因。但是靶向NGS的临床常规使用，要求便宜的仪器、快速的周转时间，以及一个集成的、强大的工作流程。
边合成边测序（SBS）是一种流行的NGS技术，用于全基因组分析以及靶向测序，当前的SBS平台涉及繁琐的工作流程，或缺乏足够的速度和读长以达到最佳临床效率。现在，Illumina公司的研究人员描述了一种改进的SBS化学过程，来解决这些问题。
本文资深作者Molly He表示：“我们正在寻求，通过简单的样品制备来加快周转时间。”作者描述的这种新方法，使用的是现有的Illumina NGS平台。
所建立的测序方法，利用直接检测荧光标记的核苷酸，因为它们能够整合到生长的DNA链中。这种新方法可以逆转这种范式，专注于DNA聚合酶与固定在一个微流细胞内的DNA模板相结合的动力学。
四种不同核苷酸——G、C、A和T，被一个接一个地添加到一个流动细胞中，连同一个荧光标记的DNA聚合酶。在每个四核苷酸循环过程中，只有模板互补的核苷酸被添加到新合成的DNA中。因为液流洗去了未结合的DNA聚合酶和游离核苷酸，在一个匹配核苷酸的合并过程中，聚合酶发出的荧光信号主要结合到固定的模板。因此，使用一种单一的颜色就可实时检测这些序列。
He说：“我们认为，这种方法会利用天然核苷酸整合的速度和集群技术，这使得Illumina公司测序平台广受大众欢迎。”
在开发这项技术的过程中，He和同事们所遇到的最大挑战是，寻找盐和核苷酸浓度的最佳组合，以最大限度地提高错配核苷酸的分解，以及匹配核苷酸的结合，从而促进良好的核苷酸辨别。
虽然这项技术仍处于概念证明阶段，但这种方法的希望在于，更少的测序周转时间、更长的读数，以及与自动化Illumina平台的兼容性。未来的改进包括：为充分同步化的酶输送引入一种加压流体系统。作者使用一种基于低成本绿色LED的便宜成像系统，演示了核苷酸辨别，他们认为，其他标签如纳米粒子，也可用于各种检测，从而进一步增加了这种方法的通用性。
