中国科学家Nature子刊公布新基因组草图
来自合肥工业大学、四川大学、四川省自然资源科学研究院、北京百迈客生物科技有限公司等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组成功绘制出了猕猴桃(Actinidia chinensis)的全基因组序列草图。相关成果发表在10月18日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。
合肥工业大学生物与食品工程学院的刘永胜(Yongsheng Liu)教授，美国康奈尔大学费章君(Zhangjun Fei)博士以及北京百迈客生物科技有限公司的郑洪坤(Hongkun Zheng)是这篇论文的共同通讯作者。
猕猴桃科是杜鹃花目的基础一科，有猕猴桃属、水东哥属和藤山柳属等。猕猴桃属包括有几种具重要经济价值的园艺品种，例如中华猕猴桃、美味猕猴桃、软枣猕猴桃和毛花猕猴桃等。在猕猴桃属中大约有54个物种和75个分类群，所有这些都是多年生、落叶、雌雄异株植物，具有攀缘或蔓生生长习性。
由于其维生素C含量极高，且具有均衡的矿物质、膳食纤维和其他有益健康的代谢产物营养成分，长期以来猕猴桃被称作“水果之王”。广泛的研究报道在猕猴桃中有维生素C、类胡萝卜素和黄酮类化合物的代谢累积。猕猴桃的起源中心是在中国西南部的山区，其驯化史较短，它的种子到20世纪早期才开始被引入到新西兰。通过几十年的驯化，以及付诸极大的努力对野生猕猴桃进行选择已开发出了许多的品种。猕猴桃现已成为了世界上重要的一种新鲜水果，2011年年产量达到144万吨。
尽管已存在有一个广泛表达序列标签(EST)数据库和几个遗传图谱，猕猴桃全基因组序列资源仍然非常有限，而这对于育种及品种改良至关重要。猕猴桃属于杜鹃花目。当前，只有番茄和马铃薯等茄科物种基因组进行过测序，还没有杜鹃花目的物种进行基因组测序的报道。
在这篇文章中，研究人员对在中国广泛种植的一种杂合猕猴桃：红阳猕猴桃(Hongyang)进行了基因组测序及分析，组装出了全长为616.1 Mb，包含39,040个基因的基因组。比较基因组分析结果揭示，猕猴桃经历了一次为核心真双子叶植物所共享的远古六倍化(hexaploidization)事件，以及两次较近的全基因组复制事件。两次近期的复制事件均发生在猕猴桃与番茄及马铃薯分歧后，促成了调控如维生素C、类黄酮和类胡萝卜素代谢等猕猴桃重要特性的基因产生新的功能。
作为第一个杜鹃花目的测序物种，这一猕猴桃基因组序列不仅提供了有关猕猴桃特异性、重要农艺性状的分子基础的一些新认识，有助于推动作物改良，并为更深入地进行进化和比较基因组学分析提供了一个宝贵的资源。
