扩展NIPT检测？也许得不偿失
无创产前检测（NIPT）已经是产前诊断中一个热门的关键词。它利用孕妇血液来筛查胎儿的染色体非整倍体，如21、18和13三体，避免了侵入性检测的风险。如今，一些供应商试图扩展他们的产品，以覆盖染色体的微缺失和微扩增。
不过，英国伦敦大学学院的研究人员近日在《美国人类遗传学期刊》上报道称，NIPT在检测染色体亚微结构异常上的临床作用有限。他们开发出的检测程序无法可靠地检测微缺失和微扩增。尽管增加测序深度能改善检测，但同时也会增加假阳性率。
“为了做到切实有效，NIPT必须能够以极低的假阳性率检测整个基因组中的染色体重排，”文章作者写道。“由于标准的NIPT只能检测多数比较大的染色体重排，并且需要胎儿比值的了解，因此我们认为，它还没有做好常规临床应用的准备。”
在这项研究中，伦敦大学学院的Lyn Chitty及其同事利用12重测序来检测无细胞DNA中的染色体重排。所有样本都包含已知的不平衡染色体重排。对于18个带有> 6 Mb CNV的样本，他们在15个样本中检测到至少一个异常，敏感性达到83%。不过，研究人员只能从5个样本中检测到< 6 Mb的CNV。对于另外10个带有小CNV的样本，只有两个能被正确鉴定，敏感性仅为20%。
研究人员还利用这个程序，检测了一组共534个已知没有染色体异常的样本。在过滤后，他们在2个样本中发现了假阳性检出，特异性为99.6%。
他们发现，更深度的测序提高了检测的敏感性，使得> 6 Mb的CNV检测敏感性达到94%，而< 1.5 Mb CNV的敏感性也达到93%。不过，更深度测序也未能发现之前鉴定出的CNV。研究人员指出，这种差异可能是由于游离DNA中的胎儿比值。
Chitty及其同事估计了不同胎儿比值下，他们检测不同大小的CNV的能力。尽管他们指出，这个计算结果仅适用于他们的实验室，但如果胎儿比值降低至5%以下，提高测序的深度并不能明显提高检测的敏感性。同时，提高测序深度的成本很高，也会增加假阳性率。
“考虑到使用NIPT来筛查非整倍体的好处是减少了侵入性检测，增加了安全性，将NIPT延伸到染色体亚微结构逆转了这一好处，同时也不能全面检测致病性的重排，”作者在文中写道。
