癌症基因组项目(TCGA)完成之反思
经过美国不懈的努力，涉及上万个癌基因的癌基因组项目正式告一段落。该项目在2006年开始，预计花费1亿美元进行研究，并且癌症基因组图谱（TCGA）现在已经成为国际癌症基因组协会最大的组成部分，该项目汇聚了来自16个国家的科学家，并发现了接近10万个与癌症相关的基因突变。
现在的问题是，下一步怎么办。一些研究人员希望继续关注测序；而另一些人倾向于扩大自己的工作范围，探索已经发现的突变如何影响癌症的发生和发展。
“TCGA已经完成，并且可以宣布胜利。”纽约冷泉港实验室主任Bruce Stillman这样说。“总是会有新的与特定癌症相关联的基因突变被发现。但现在的问题是：成本效益比。”
Stillman是该项目的早期倡导者。有一些研究人员担心，这个项目会耗尽从私人资助者获得的资金。一开始这是一个三年的项目，之后它被延长了五年。在2009年，在全球经济衰退的时候，为了刺激美国经济，其从美国国立卫生院（NIH）获得了1亿美元，之后又追加了1.75亿美元。
该项目最初的工作：在当时，基因测序只能在快速冷冻的新鲜组织上进行。然而，大多数的临床活检，是由病理学家固定在石蜡中进行染色检测。寻找及制备新鲜组织的成本是该项目最大的支出，Louis Staudt这样说，他是位于马里兰州贝塞斯达的美国国家癌症研究所（NCI）的癌症基因组学办公室主任。
另外一个问题是数据的复杂性。虽然有一部分“驱动因素”对于癌症的发展具有显著影响，但是大部分突变形成了扑朔迷离的大杂烩，因为其与肿瘤之间几乎没有共同点。针对驱动因子的药物实验很快揭示了另一个问题：癌症往往会很快产生耐药性，其一般会通过激活不同的基因，来绕过被药物阻断的细胞过程，从而导致抗药性。
位于马里兰州巴尔的摩的约翰霍普金斯大学遗传学家Bert Vogelstein说，尽管有这些困难，癌症研究还是从TCGA中获得了各方面的益处。这些数据扩展了肿瘤分类方法，并指出了许多从前没有确定的药物靶标和致癌物质。但一些研究人员认为，测序可以提供更多的信息。在1月份，对于21种癌症突变数据的统计分析表明，对于发现临床上有用的突变，测序工作依然有很多潜力。
去年12月2日，Staudt宣布TCGA完成，NCI将会继续深入测序三种肿瘤：卵巢瘤，结肠瘤和胰腺癌。其计划之后评估这项额外工作的结果，以此决定是否添加更多的癌症类型。
扩大范围
但是这一次，这些研究将会结合关于病人的健康、治疗史和治疗反应等详细的临床信息。因为研究人员现在可以使用石蜡包埋的样本，他们可以获得过去的临床试验数据，以及研究突变如何影响患者的预后和治疗反应。Staudt说，NCI将宣布推荐使用TCGA及那里的方法和分析原理，对临床实验的样品进行测序分析。
国际癌症基因协会的联合创始人Tom Hudson说，预计将在二月份释放出其计划的第二波研究浪潮，这可能会采取类似的策略。Tom Hudson同时也是加拿大多伦多安大略癌症研究所的主任。其所在的机构专注于发现能够响应肿瘤治疗的基因序列，该机构接受了几个国家政府的资助，并渴望遏制医疗保健费用的上升。“癌症食疗是非常昂贵的。我们会优先考虑解决目前治疗成本高昂的癌症。”
NCI还准备支持创建一个数据库，这些数据不仅来自它自己的项目，还有其他国际机构的工作在其中。该数据库是为了让数据访问和分析工具为研究人员带来更广阔的视野。目前，癌症基因组数据大约有20千兆（1015字节），是如此的巨大和笨拙，以至于只有较强的计算机研究机构才可以访问使用。即使这样，光是下载这些数据，就需要4个月的时间。
Staudt承认说，额外的刺激资助并没有对该项目具有促进作用。但是较便宜的测序以及使用生物样本库的活检技术降低了该项目的成本。他说：“在我们现在做的许多事情中，基因组学是重中之重。因为我们现在可以就癌症的问题，以更直接的方式进行问答。”
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