二代测序技术指导肿瘤患者的治疗方法
本周美国临床肿瘤学会年度会议中展示的研究项目包括了来自于部分研究项目的大量数据，这些研究项目均使用了二代测序技术来指导对肿瘤患者的治疗方法。
研究结果表明，正如之前科学界已报道的那样，NGS panel及更广泛的测序方法可以在很多情况下的少部分（有时是多数）患者中鉴别出与肿瘤有关的基因变异，而这些鉴别出的患者中很大一部分都可能接受基因治疗。
进行展示的某几个研究项目还通过NGS数据发现了部分具有可操作突变的患者，这些患者确实地接受了针对这些突变的治疗，很多患者均从这种靶向治疗中受益。
这些数据对于确立NGS相关疗法的临床效用至关重要，对于未对于未来进一步对比基因型疗法与非基因型疗法的实验有重大意义。同时，来自于采用了该方法的开创性研究项目的数据也揭示了这种方法对于病患照顾的影响及产生的效果。
本周会议中展示的一项研究是由Sarah Cannon研究所的科研人员完成的，该研究记录了靶向NGS的结果，这些实验是SCRI发起的根据患者的基因数据将癌症患者与临床试验进行匹配的研究项目的一部分。
从2012年10月至2013年12月，研究所共接待了1040名患者，其中936名患者有足以用于测序的肿瘤组织，对这些样品使用了覆盖35种癌症相关基因的靶向热点panel进行了测序。在420名患者中并未发现至少一种突变，即半数患者，而研究团队在100名患者中发现了可操作突变。
总的来说，这一患者群体在12天中即在临床医师面前表现出进展。另外，还有206名患者也参与到临床试验中，占了已测序患者的22%，不过超过半数的患者并未通过测序检测到任何突变，还有另外6%的患者被视为具有“无法操作”的突变。
50名具有可操作突变的患者参与到了特别针对某一个突变的实验中，这一突变是由这一组患者的NGS分析得到的。而另外53名患者则进行了非特异性针对他们的癌症驱动突变的实验。
该研究的第一作者Todd Bauer告知“临床测序新闻”，若对于基于NGS的癌症治疗，普遍认为重要的问题是这种方法是否可以鉴别突变，这些突变是否是可操作的，患者是否可利用这些发现进行治疗，这些治疗是否对患者有效，那么SCRI的研究给出的答案则分别是：“是的，是的，是的，很难说。”
“如果把问题分开来讲，例如，对于PIK3突变，我们发现了90名患者，但只有大概三分之一继续进行了实验。”
Bauer说。“为何会发生这种情况？唔，部分患者的病情发展太快，没有接受任何其他治疗。有些患者则需要接受监控，以确定他们是否完成了辅药治疗或在治疗中是否表现稳定。”
研究人员在会议的海报上分享了部分数据，追踪了患者的治疗效果，对接受了针对自身基因突变的治疗的患者与那些未接受的进行了对比。
“让我们再看一看PIK3，” Bauer说，“海报上显示了两条柱形图，一条紫色一条绿色。紫色柱形图是指接受了相匹配治疗的患者，而绿色是指接受不匹配治疗的，这些柱形图的长度则是研究的平均周数。”
对具有PIK3突变的患者，不同组在患者接受临床治疗的时间长短上仅表现出很小的差别，接受基因定向药剂的临床治疗的患者平均会进行12周治疗，而接受非定向治疗的患者则会进行11.5周治疗。
对于其他突变，例如KRAS，SCRI实验得到的区别则略大一些——基因型定向治疗为12周，而非定向治疗则为8周。而在有BRAF突变的患者中，进行了基因型定向治疗的患者平均治疗时间为29.5周，相比而言服用非定向药物的患者则只有10周。
“不过实际情况要更加复杂，”Bauer说。“值得警惕的是，我的治疗中多个阶段均为晚期患者，而这些患者无法检测其活力。如果以另外的基因突变为例，例如FGFR突变，情况正好颠倒过来。”
在这一类突变中，患者群体的数据显示有两名拥有FGFR突变的患者在基因型定向治疗中病情得到了改善，而另一位FGFR突变患者则在非定向治疗中“明显好转，”Bauer说。
对于未来，Bauer说他的团体计划继续追踪实验结果。这些结果也会包含在他们的研究项目中，并且还会包含患者可能从别处接受的测序结果的分析，而不仅仅是SCRI提供的35个基因的panel。
