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两篇Nature子刊发表基因组测序成果为新药开发提供新线索

2016.11.24

  科学家们对造成盘尾丝虫病的寄生虫进行基因组测序,揭示了这种寄生虫的活动方式,鉴定了可以被现有药物靶标的蛋白,为新药和疫苗开发提供了线索。这项研究以两篇文章的形式发表在本周的Nature Microbiology杂志上。

  据世界卫生组织(WHO)统计,全世界有一千八百万人受到盘尾丝虫病的影响,主要集中在撒哈拉以南的区域。这种疾病通过在河流边生活的蚊虫在人群中传播,这些蚊虫叮咬会带来致病的盘尾丝虫。盘尾丝虫进入人体就会开始繁殖,其后代迁移到皮肤会引起剧烈瘙痒和皮疹,迁移到眼睛会造成眼部症状甚至失明。目前人们普遍用抗寄生虫药物伊维菌素进行治疗,但完全治愈可能需要数十年时间。一些研究者认为,伊维菌素的广泛使用会使寄生虫对药物发展出抗性。

  美国NIH过敏与传染病研究所(NIAID)的研究人员收集厄瓜多尔、乌干达和西非的盘尾丝虫(O. volvulus),对其完整基因组进行了测序,还重建了盘尾丝虫体内共生菌Wolbachia的基因组。他们在此基础上鉴定了一些关键的寄生虫基因,这些基因编码寄生虫感染所必须的蛋白和分子反应。其中16个新发现的蛋白已经是现有药物的作用靶标,但相应药物此前还没有用于盘尾丝虫病的治疗。

  十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示,新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司开发的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。

  前不久,浙江大学和Nebraska大学的科学家们在Nature Genetics杂志上发布了异源多倍体芥菜型油菜(Brassica juncea)的基因组序列。油菜在植物分类上属于十字花科芸薹属,是世界广泛种植的油料作物。这类植物拥有三个二倍体基因组和三个异源多倍体基因组。

  长颈鹿是身高接近六米的庞然大物,它们拥有异乎寻常的长脖子和大长腿,并且能够高速奔跑。科学家们首次完成了长颈鹿及其近亲(okapi)的基因组测序,揭示了推动长颈鹿进化的遗传学改变。这项研究发表在五月十七日的Nature Communications杂志上。

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