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【求助】RT-qPCR关于结果分析中2-ΔΔCt的疑问
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首先介绍一下背景：
我做的是人群，分为暴露人群和对照人群，然后采集其外周血取淋巴细胞测相关基因的表达。
RT-qPCR得到的结果包括Ct，ΔCt。由于暴露人群和对照人群只是大体的分组，并未进行一一配对，所以无法得到ΔΔCt，所以也无法得到2-ΔΔCt。在这种情况下，如何才能进行比较？
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最新回复
dmg (2015-7-01 21:46:44)
不就是个t检验就出来了么？
PCR (2015-7-01 21:47:11)
现在我想怎么求2^-ΔΔCt，或是直接用2-ΔCt比较可以不
fei1226com (2015-7-01 21:47:53)
QUOTE:
直接以某一个个体作为参照，其它样本跟这个参照进行比较计算得出2^-ΔΔCt，2^-ΔΔCt是样本与参照的比值，可以比较样本间表达量的差异，2-ΔCt没这个说法，也没有实质意义。这样做了之后，暴露样本跟对照样本每个个体的表达情况就一目了然了，是不是有显著差异就要用生物统计学的方法检验了
PCR (2015-7-01 21:48:21)
现在的问题是选择哪一个样本作为参照比较合适？ABI给出的结果是内参基因的Ct，样本的Ct，得到ΔCt，这时没有配对的个体，如何得到ΔΔCt，不会随意选择一个样本作为参照吧，如果可以的话，选择ΔCt=0的也可以，那就是ΔCt的数据了
fei1226com (2015-7-01 21:48:42)
选择一个正常样本作为参照计算，其它样本跟这个正常样本的表达关系就出来了。这样正常样本的表达差异你知道了，它们的动态范围你也能得到，暴露样本的表达差异和动态范围你也能得到。最后将正常样本表达量做平均，暴露样本表达量再做平均，除以正常样本的平均表达，你就可以比较正常样本和暴露样本的表达差异了。
tewank (2015-7-01 21:49:00)
将正常标本的内参取平均值，正常标本的目的基因A取平均值，各个暴露样本A基因与正常的均值进行比较。
ns5fan (2015-7-01 21:49:35)
你可以选个表达目的基因的稳定细胞系当对照，然后提RNA，大量逆转录cDNA, 稀释后分装，避免反复冻融
一支的量用一板
不同的板之间都以这个为对照进行比较，这样不同的标本的目的基因才有可比性，然后按照暴露进行分组
xueyouzhang (2015-7-01 21:49:52)
不必要纠结于ΔΔCt，你这种情况用ΔCt就行了。
avi317 (2015-7-01 21:50:15)
dreaming (2015-7-01 21:50:38)
QUOTE:
与对照组比较不就能得出2 -ΔΔct吗？小螺号 (2015-7-01 21:51:01)
我也想知道怎么做？
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