这是关于酶切位点保护碱基的表,基本意思是,就举Acc I 和Afl III 为例吧,我们设计引物的时候,先把引物根据模板设计好,然后再将酶切位点加在5‘端,即Acc I ---GATC------ 或者Afl III ---GATC----,如果这样的引物,在你PCR结束后,酶切位点的5’是没有碱基的,这样的话拿去酶切会影响酶对该位点的切割,我们知道限制性内切酶都有序列识别结构域和序列切割结构域,这样的话,虽然酶能识别相应序列,但由于酶切位点5’端裸露,酶却不能切割,顾为了使酶能够顺利切割,而额外几个碱基,叫保护碱基,那么保护碱基加几个才能起到保护作用呢,这就更具体的限制酶有关了,有点不需要,有的一个就行了,有点两个或者三个,有点甚至四五个还不行,你比如,上表中Acc I加3个切割效率还是为0, 而Afl III两个就足够了,而Asc I不需要加,至于要不要加保护碱基,加几个,具体的酶具体分析
希望对你有用!
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一叶 (2015-4-03 09:54:04)
这是关于酶切位点保护碱基的表,基本意思是,就举Acc I 和Afl III 为例吧,我们设计引物的时候,先把引物根据模板设计好,然后再将酶切位点加在5‘端,即Acc I ---GATC------ 或者Afl III ---GATC----,如果这样的引物,在你PCR结束后,酶切位点的5’是没有碱基的,这样的话拿去酶切会影响酶对该位点的切割,我们知道限制性内切酶都有序列识别结构域和序列切割结构域,这样的话,虽然酶能识别相应序列,但由于酶切位点5’端裸露,酶却不能切割,顾为了使酶能够顺利切割,而额外几个碱基,叫保护碱基,那么保护碱基加几个才能起到保护作用呢,这就更具体的限制酶有关了,有点不需要,有的一个就行了,有点两个或者三个,有点甚至四五个还不行,你比如,上表中Acc I加3个切割效率还是为0, 而Afl III两个就足够了,而Asc I不需要加,至于要不要加保护碱基,加几个,具体的酶具体分析
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okhaha (2015-4-03 09:54:21)
dog002 (2015-4-03 09:54:41)
一般保证是三的倍数,不至于移位。
hyuu (2015-4-03 09:55:01)
2楼已经说的很清楚了
bring (2015-4-03 09:55:26)
cj_mondy (2015-4-03 09:55:49)
2楼说的已经非常详细了!
dotaaa (2015-4-03 09:56:17)
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我想问下是不是限制性内切酶有两个功能域,一个起识别作用,一个起切割作用?
vvmmoy (2015-4-03 09:56:34)
也不用想得太复杂,这种酶加几个,那种酶加几个,都加三个保护碱基就行
babybabe (2015-4-03 09:56:54)
保护碱基选择合适的个数,看切割的效率
caihong (2015-4-03 09:57:17)
caihong (2015-4-03 09:57:34)
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是的,一般的都是的!
【求助】谁能帮我解释下图片的意思啊