【求助】设计的引物要检测其特异性应如何在NCBI上进行BLAST?

最新回复

• lorri (2016-1-05 15:48:45)

  
  在BLAST中点击Search for short, nearly exact matches
  可以设置物种范围和期望值以及格式之类

• vvmmoy (2016-1-05 15:49:01)

  
  按照如此顺序：PUBMED——Nucleotide——BLAST——Search for short, nearly exact matches，然后打上 你的上下游引物（分两行），然后击：“BLAST",在下一页击：“FORMAT"，出来结果即可。

• ROSE李 (2016-1-05 15:49:23)

  
  上下游引物都是从5'到3'吗?

• ROSE李 (2016-1-05 15:49:41)

  
  我是说输入引物时的顺序,谢谢！

• yueban-1147 (2016-1-05 15:49:56)

  
  上下游引物都是从5'到3'吗?
  是的

• BUK (2016-1-05 15:50:33)

  
  我想请问一下sence和anti-sense是不是就是指上下游引物呢?

• BUK (2016-1-05 15:50:54)

  
  还有,是在那个search里输上那个上下游引物吗?为什么我分两行输上去,他每次都只是给我分析了上游的?请指教!!

• wawa (2016-1-05 15:51:27)

  我按照上面方法BLAST了我的上游引物，可如何分析其特异性好坏？请高手指点，不胜感激！

• 555444 (2016-1-05 15:51:46)

  
  我是按5’输入的。出来了。有七条好像是可以。这样行吗？
  下面的U G E 是什么意思？

• 天蝎座 (2016-1-05 15:52:28)

  
  为什么现在的界面没有yjh8005说的“Search for short, nearly exact matches”呢？怎么回事？搞了一晚上还是不会，请高手指点迷津！附上图片几张，图一（下面的第二张图片）是：PUBMED——Nucleotide——BLAST后出现的界面；图二（下面的第一张图片）是：点nucleotide blast后出现的图片；然后要怎么搞呢？也没有看到yjh8005说的“Search for short, nearly exact matches”

  
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• 天蝎座 (2016-1-05 15:52:58)

  
  为什么现在的界面没有yjh8005说的“Search for short, nearly exact matches”呢？怎么回事？搞了一晚上还是不会，请高手指点迷津！附上图片几张，图一（下面的第二张图片）是：PUBMED——Nucleotide——BLAST后出现的界面；图二（下面的第一张图片）是：点nucleotide blast后出现的图片；然后要怎么搞呢？也没有看到yjh8005说的“Search for short, nearly exact matches”

  
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