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【求助】MSP的阳性对照问题
之前都是用细胞的DNA来做BSP的,最近要做MSP,样本是人外周血DNA,阳性对照的问题,有的protocol是要先将人外周血白细胞genomic DNA酶切后用M.SSS1 酶处理得到阳性对照,有的没有酶切直接用M.sss1处理,然后NaHSO3修饰的,我的问题是:【求助】MSP的阳性对照问题
1.到底酶切这步是不是必要的呢??
2.阳性对照的DNA一定得是白细胞的genomic DNA么?我得理解是只要这段DNA得CpG位点被甲基化后,甲基化得引物能结合扩增就可以了,不知我得理解对不?
之前做BSP,没有酶切,直接用genomic DNA做的,一样是成功的,MSP是不要要求更高,请做过的大侠指点迷津啊,谢谢了^_^
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【求助】MSP的阳性对照问题
最新回复
xuuuu (2016-2-29 16:59:59)
BSP,MSP是什么啊?
october7 (2016-2-29 17:01:07)
脐带血dna好像也可以的。
msp的引物中含有是可能的甲基化的CG岛,如果引物序列对应的dna序列中的CG出现部分甲基化的话,引物是不能结合的,我是这样理解的。
想请问一下,我的msp做完了,正在做bsp,你bsp的上下游引物的TM值相差大吗?
ququer787 (2016-2-29 17:02:54)
BSP的上下游引物的差别用methprimer计算不大,相差大概两度吧,可公司合成的出来的报告的Tm差别很大有5度以上了,最后证明最适退火温度在Methprimer给的Tm值附近。当然你的如果相差太大的话,估计不好括,理论上在最适退火温度时,两个引物应都能和模板结合,差别太大了,可能有影响,不过你可以试试
eor (2016-2-29 17:03:11)
msp的阳性对照好像是有试剂盒出售的。
另外,要谢谢你给我的建议
社会主义好 (2016-2-29 17:03:58)
不客气
细胞株就是来自单克隆得啊,每个细胞得genomic DNA是一样得基因信息
爱老虎游tt (2016-2-29 17:04:16)
vcve (2016-2-29 17:04:31)
wiwi (2016-2-29 17:04:47)
请问基因组的DNA用试剂盒变性会不会不完全,听说用稀有酶切会好一点,稀有酶是指什么酶呢?还有,用SSS1处理时,S-腺苷甲硫氨酸是要单独买吗?在哪个公司买?我刚开始做,请各位多指教!不胜感激
moonlight (2016-2-29 17:05:01)
阳性对照的DNA我认为什么都可以,考虑到未甲基化的阳性对照,用健康人白细胞DNA相对最方便。
yychen (2016-2-29 17:05:17)
TNT (2016-2-29 17:05:33)
yychen (2016-2-29 17:06:53)
antisense primer 1ul
dna 100ng
buffer 5ul
dNTP 5ul
hotstar(2.5u/ul) 1ul
ddH2O 27ul
请帮忙看一下,有没有问题?谢谢
1221 (2016-2-29 17:07:09)
yychen (2016-2-29 17:07:26)
SO2 (2016-2-29 17:08:01)
SO2 (2016-2-29 17:08:21)
antisense primer 1ul
dna 100ng
buffer 5ul
dNTP 5ul
hotstar(2.5u/ul) 1ul
ddH2O 27ul
请帮忙看一下,有没有问题?谢谢
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亲,后来你的体系怎么改啦?我现在做出来和你这个一样,能请教一下么?
jude (2016-2-29 17:08:33)
请教一下,您是怎么做阴性对照的呢?
【求助】MSP的阳性对照问题