关注公众号

关注公众号

手机扫码查看

手机查看

喜欢作者

打赏方式

微信支付微信支付
支付宝支付支付宝支付
×

形形色色的蛋白标签(二)

2012.10.24

  体内标记

  对于in vivo标记,人们通常用化学标记的营养物喂养细胞,让它们掺入新合成的蛋白、核酸或代谢物。之后收获细胞,分离出这些分子,从整体上查看细胞行为,或利用抗体或其他捕获试剂来研究某个蛋白。

  蛋白质组研究人员常用的方法是SILAC,即细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记。两组细胞同时培养,A组是在包含正常氨基酸(light)的培养基中;B组的培养基则含有“重型(heavy)”的氨基酸,即稳定同位素标记的氨基酸。然后将两组细胞混合,提取出蛋白质组,并交给质谱去测定,从而评估两种条件下的蛋白丰度差异。生物通之前对此技术有详细介绍,请看《定量蛋白质组学之SILAC技术》。

  而非质谱研究人员则使用所谓的生物正交(bioorthogonal)化学反应。在生物正交系统中,人们使用带有化学基团的分子来喂养细胞,这些化学基团与天然的生物活性基团(如胺基或羧基)不起反应。外源化合物(包含该基团的反应partner)的添加引发化学反应,从而将带标签的生物分子与功能基团偶联。

  赛默飞世尔提供试剂,让叠氮化物与膦基团(phosphine group)偶联。在实验中,您可以用带有叠氮化物的分子来喂养细胞,然后,用含有膦基团的试剂处理细胞,它们就会发生反应。这两种化学基团一般不存在于生物系统中,因此这些分子是惰性的。

banquan23.jpeg

  举个例子,在培养HK-2细胞时,您可以用N-azidoacetylmannosamine来标记新合成的糖蛋白。之后,用DyLight 650-phosphine处理,观察这些蛋白。

  赛默飞世尔目前提供三种不同颜色的膦基团(DyLight 488-Phosphine、DyLight 550-Phosphine和DyLight 650-Phosphine),以及生物素标记的膦基团,用于蛋白分离。

  Life Technologies也有类似的点击化学试剂,名曰Click-iT,相当形象,不过它是基于铜催化的叠氮化物和炔烃之间的共价反应。当然,它也提供不含铜的试剂版本,用于活细胞应用,因为铜对于活细胞是有毒性的。

  叠氮化物和炔烃都是惰性、稳定的,而且相当小。这些基团可交换,也就是说您可以选择一个来标记目标分子,而另一个用于随后的检测。Click-iT反应可监控新生蛋白的合成或抑制,取代BrdU检测细胞增殖,鉴定翻译后修饰(如糖基化和棕榈酰化)。标记试剂有7种可供选择,包括6种荧光基团和生物素。

banquan23.jpeg


  这些试剂也可用于脉冲追踪实验。首先,用含有叠氮化物的分子和炔烃染料来标记新合成的蛋白,一段时间后,用含有炔烃的分子和不同颜色的叠氮化物染料来喂养细胞,就可以分辨新合成的蛋白与之前的蛋白。

  体外标记

  最后一类蛋白标签是在体外标记蛋白。除了常用的反应性化学试剂(如NHS酯),一些公司也提供蛋白标记试剂盒,可实现多重质谱分析。这些试剂盒以同量异序标签(isobaric tag)标记蛋白。这些标签有着相同的分子量,因此在质谱上表现相同,但它们以不同的方式片段化,可在串联质谱分析中区分开来。

  Life Technologies的iTRAQ试剂盒包括8种同量的胺活性试剂,能够对蛋白质水解的肽段进行标记,结合串联质谱的方法,可对肽段进行精确的鉴别和定量。这种技术通量高,一次可实现多达8个样品的蛋白质鉴定。它也能用于多个时间点蛋白质组动态变化的监测。

  iTRAQ 技术的大体流程如下:样品一般先经胰蛋白酶裂解、烷基化、酶解为肽段,利用iTRAQ试剂多重标签对所产生的肽段进行差异标记,再将标记样本混合,最后用 LC-MS /MS进行分析。iTRAQ试剂包含8种不同的胺活性试剂。每种胺活性试剂与水解后肽段集合。胺活性试剂包含报告基团和平衡基团。

  iTRAQ 技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究,具有较好的定量效果、较高的重复性,因此近年来应用较广。它适合所有类型的蛋白样品,而不像SILAC,不能对组织来源的蛋白进行分析。也正因为如此,它容易受样本中的杂质蛋白及样本处理过程中缓冲液的污染,需要对样本进行预处理并尽量减少操作过程中的污染。

  赛默飞世尔也推出了串联质谱标签(tandem mass tag)试剂盒,被称为TMT,用于标记实验。TMT包含带有氨基活性基团的等量的串联质谱标签,一个质量归一化的连接子,一个可断裂的化学键,和报告离子 (reporter ion)系列。使用这些试剂,研究人员能在一个样本中专门标记肽和蛋白,然后进行相对或绝对的定量。该方法能够分析一个样品中每一个单独的蛋白,最多可同时分析6个样品。

  不过,赛默飞世尔很快将会把TMT产品线升级为新的iodoTMT产品。据介绍,iodoTMT试剂只标记含有半胱氨酸的肽段,而传统的TMT试剂标记所有肽段。因此,研究人员可使用iodoTMT来研究不同条件下半胱氨酸特异的修饰,比如S-亚硝基化(S- nitrosylation)、氧化和二硫键。赛默飞世尔也提供固定化的anti-TMT树脂,可富集那些包含半胱氨酸的低丰度肽段,否则它们可能无法检测。

  蛋白标签的选择真的很多,具体选择哪一个,这取决于您的应用。每个系统都不是完美的,都有优点和缺点。在选择之前您需要考虑:标签有多大?它是否会干扰相互作用?这个标签系统有多少种颜色可选?是否与您的应用兼容?当然,多看文献肯定没错。

推荐
关闭