Nature：癌症基因组分析的新浪潮
肺癌与乳腺癌不一样，与胰腺癌也不一样，然而根据发表在《自然遗传学》(Nature Genetics)的两项最新研究表明在分子水平上它们具有许多相同之处。同日，Nature网站对这一研究成果进行了即时新闻报道
这项“泛癌症”研究针对12种不同类型的肿瘤3000多个基因组进行了分析，寻找跨越组织界限的癌症共同特征。初步的研究结果揭示，超过100个基因组区域有可能包含从前未发现的药物靶点，并为建立一种新的肿瘤分类法从而让个别患者得到更为匹配的治疗，以最大的可能性缓解他们的癌症奠定了基础。
将不同器官的癌症归并到一起，有可能获得关于引起疾病的一些共同信号通路的新认识。这也使得研究人员数据集中的样本数量相应增加。样本数量越多，往往意味着具有更大的统计效力来寻找与癌症相关的基因组改变。
安大略癌症研究所所长Tom Hudson(未参与该研究)说：“这是新一波的癌症基因组分析浪潮。它赋予了我们更大的能力来检测单次分析单个肿瘤类型可能错漏的共同特征。”
这一方法还推动了越来越多的研究工作不仅根据器官起源，并基于它们的分子特征来对肿瘤进行分层——随着制药公司推出新一代的癌症疗法靶向治疗具有特异遗传突变的肿瘤，这一方法正发挥着越来越重要的作用。
这一泛癌症研究利用了来自癌症基因组图集(Cancer Genome Atlas)的数据。这一项目由美国国家卫生研究院提供资金资助，旨在收集超过20种癌症，每种癌症多达500个肿瘤的基因组信息，其中包括所有编码蛋白质基因序列。这一项目以及其他与之类似的研究，一直在源源不断地发布如可作为新型治疗基础的癌症相关新基因之类的数据及研究发现。
但所有这些分析普遍坚持采用一种肿瘤类型。加州大学圣克鲁斯分校的系统生物学家Josh Stuart说，不久之后这项计划的研究人员开始产生了一种“似曾相识”的感受。例如，在研究一个乳腺癌数据集时，他们看到了从前在一个卵巢癌数据集中看到过的模式。
2012年10月，Stuart和其他的研究人员决定系统地分析多种癌症类型的数据。Stuart说，当他们组织合作开展这项工作时，他们预计这项目有可能会产生约5篇研究论文。
一年后的现在，已有18篇论文将在未来数周内预备发布，另外还有60篇处于各个起草阶段。在今天发布在其中一篇论文中，Broad研究所的癌症研究人员Rameen Beroukhim和同事们，分析了来自11个肿瘤类型的数据，寻找到了癌细胞中相比预期复制或缺失更为频繁一些基因组区域。他们的分析结果揭示了140 个这样的区域，每个区域中或有推动疾病的基因拷贝增加，或有抑癌基因发生缺失。
癌症的共同特征
Beroukhim说，在这140个区域中，只有35个包含从前已知与癌症相关的基因，证明了我们不断增长的分析更大型数据集的能力。“尽管近期一直在源源不断地生成数据，对于癌症基因组仍有许多东西有待发现。”
在另一项发布的研究中，纪念斯隆-凯特琳癌症中心的计算机生物学家Chris Sander和同事们，利用基因组数据基于肿瘤携带的基因组变异，而非最初发现这些肿瘤的器官，对肿瘤进行了重新分类。生成的类别为确定针对这些肿瘤的最佳疗法提供了一些线索。
Hudson说，这项研究工作是很有前景的第一步，但这样的分类法在用于指导治疗之前还需要在临床试验中进行测试。同时他表示期望在未来的数月内看到大量这样的分析。
Hudson 说：“我想将会有大量的研究想法竞争寻找最佳的肿瘤分类方法。随着我们得到越来越多的数据，必须每6个月进行一次更新。”
用于分析的数据应该不会短缺：Stuart说已经有人在谈论将分析扩展到对多达2000个肿瘤进行全基因组测序。这一项目将使得研究人员能够探索基因组蛋白质非编码区域，及重建可以导致癌症的所有基因组重排。
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