Nature：癌症研究领域面临分岔路口
自从上世纪70年代第一个致癌基因被发现开始，研究人员一直在渴望能将致癌突变编录成册。 每一个突变基因都有潜力使我们更加了解是什么导致了这种疾病?我们如何治愈它。
国际化的癌症基因组计划
上周，18400人来到加州圣地亚哥参加美国癌症研究协会的年会，会议展示了最新研究进展。研究人员们展示了如何用突变模型来追踪引发突变的机制，例如，日光引起的突变留下的痕迹不同于致癌病毒感染的。另一队研究人员编录了晚期黑色素瘤的相关致癌基因突变，希望利用这些信息来调节免疫细胞，破坏肿瘤细胞。有前景的初步研究结果表明，IDH2(异柠檬酸脱氢酶2)中的单等位基因点突变与各类癌症有关。
天道酬勤，编录致癌突变初见眉目。已有十七个国家通过了国际癌症基因组协会(ICGC)投资癌症基因组测序计划，旨在测出超过25,000个样本序列。该计划的最庞大且耗时最长的部分是癌症基因组图谱(TCGA)，在马里兰州贝塞斯达的美国国立癌症研究所(NCI)进行，计划描述10,000种肿瘤的特征。
TCGA现在已经接近尾声
TCGA最初是有争议的，因为研究人员担心项目的资金不够，会从研究者的个人补助中抽调。早期的研究结果表明，癌症的突变比预期更为丰富多样，这甚至引起某些圈子的人幸灾乐祸。批评的噪声直到计划有了成果才销声匿迹。
但是TCGA现在已经接近尾声：去年十二月，该项目停止收集新的组织样本。ICGC也几乎(事实上)停止接受新项目的提议。TCGA旨在全面深入测序并描述癌症样本的特征，这年底已经完成了。在这之后，一些小组将获得经费分析未来两年的数据。
一部分癌症研究人员主张该方案应继续。他们认为，现在停止为时过早，因为我们还未完成致癌基因突变的综合目录。今年早先发表的研究确定，编制的突变列表中至少2%的癌症需要测序至少50种肿瘤类型，每种约2000个肿瘤。对于大多数的癌症，我们远未做到这点。
癌症研究需要转变领域
从好的方面来看，旧的项目结束预示着需要一场转变。TCGA，ICGC启动时，由于技术原因，只有新鲜的肿瘤样本可以测序。研究人员不能把测序数据与临床结果联系在一起，因为这些信息直到样品采集后才能有用。而且，在那个时候，肿瘤学家没有进行过肿瘤的活体组织检查，这限制了研究人员调查治疗期间和治疗后的肿瘤如何变化，以及不同原发性肿瘤如何转移。
现在，改进的技术已经在很大程度上克服这些障碍。研究者可以从甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA并测序，使库存样品与临床数据相结合。一些临床试验表明，虽然这种做法尚未普及，但许多病人都愿意接受额外活体组织检查。
为了取代TCGA，美国国立癌症研究所(NCI)计划取一些临床试验的登记患者的肿瘤进行测序。其他团体无疑也会这么做，研究人员联系治疗或总体预后的反应，能够更多地了解一个给定的突变的重要性。
适应这些变化需要新思维。临床研究人员需要改写组织样本的捐赠同意书，允许样本与临床数据关联。他们将使用协议收集样本，确保它不只用于经典病理学也能用作测序样品。还有始终关注的一个问题——数据安全，要妥善处理患者的信息，以增强患者的信心。
致癌基因功能的研究应该受到重视
然而，继续研究是非常有价值的。TCGA的完结，也是一个平衡癌症基因组项目的机会。应该更加关注编目突变，还是主要研究其功能意义呢?答案是：功能的研究应该受到重视。序列测定只是一个简单的概念，虽然它先被决策者和公众所理解和接收。纠正这种不平衡将会为科学和患者带来激动人心的发现。
