【求助】引物设计为何要跨2个外显子

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文献说。为避免基因组的扩增,引物设计最好能跨两个外显子。这是值什么?是上游引物在第一个外显子上,下游引物在第2个外显子上吗?这样不就把2个外显子之间的内显子给扩出了?
还是2个引物在2个内显子上,中间是外显子,
另外是否外显子和内显子都是一个一个间隔的
如果我扩的是cDNA,无内显子,是否不用考虑这些了?
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  • ending (2015-8-31 17:08:44)


    我们知道, 一个基因如果有多个外显子,那么在基因组中这个基因的 多个外显子之间就会有内含子。在基因表达过程中,首先是合成mRNA;mRNA是外显子连续排列在一起,内含子就不表达出来了。如果我们要设计引物研究该基因的表达情况,首先就要提取总RNA,但是提取过程中不可避免的要有一些基因组DNA的污染,怎么样避免基因组DNA污染对实验结果的影响呢?就要引物设计最好能跨两个外显子!怎么样才是跨外显子呢?就是两条引物中的每一条都要横跨两个外显子,也就是说每条引物大约一半在一个外显子上,另一半就在另一个外显子上。这样引物就可以特异性的与mRNA结合了,而不与基因组DNA结合。
  • veiwu (2015-8-31 17:09:38)


    那会不会把2个外显子之间的内含子给扩出来了
  • 33号 (2015-8-31 17:12:56)


    你抽提出的mRNA逆转录以后已经不存在内含子了啊,设计跨两个外显子的引物是为了避免扩增出外源的DNA,这种引物就不会和外源DNA互补,而能够特异的与目的cDNA结合,从而扩增出目的cDNA。
  • veiwu (2015-8-31 17:13:12)


    外源的DNA是否是指交叉污染造成的
  • veiwu (2015-8-31 17:15:38)


    geneback上的序列是基因组DNA还是不含内含子的cDNA?
  • www.1 (2015-8-31 17:15:55)


    都可能,查的时候注意一下说明。如下2例:
    1. Trachelomonas rugulosa strain ST2 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
    2. Mus musculus GATA binding protein 3 (Gata3), mRNA
    显然前者是部分基因序列,而后者是cDNA (它说是mRNA,但实际就是cDNA)
  • veiwu (2015-8-31 17:17:33)

    都可能,查的时候注意一下说明。如下2例:
    1. Trachelomonas rugulosa strain ST2 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
    显然前者是部分基因序列

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    ribosomal RNA gene 不是核糖体RNA 基因吗?怎么是基因组的呢
  • join (2015-8-31 17:19:09)


    谢谢各位的说明,但是查出来的mRNA序列,怎么知道是由几个外显子组成?
  • ns5fan (2015-8-31 17:20:13)


    谢谢各位的说明,但是查出来的mRNA序列,怎么知道是由几个外显子组成?
    可以去UCSC搜索基因名,得到的序列很清楚地显示出其 CDNA, DNA sequences 以及外显子组成情况。
    没听过UCSC? 去google一下就有地址了 :)
  • ns5fan (2015-8-31 17:23:48)


    再次请教:在UCSC查出来的序列与genebank上有出入,信谁?而且有些基因的序列颇多,不知如何取舍
  • vcve (2015-8-31 17:24:44)


    我想请问下引物设计做好跨两个外显子去,是指引物跨两个外显子区还是产物跨两个外显子区就可以了?
  • junhun (2015-8-31 17:25:18)

    谢谢各位的说明,但是查出来的mRNA序列,怎么知道是由几个外显子组成?

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    ncbi就可以查得到
  • yes4 (2015-8-31 17:28:27)


    引物能跨外显子最好;或者单从PCR产物来看,如果条带单一够亮说明引物设计不错。
  • zhezhe (2015-8-31 17:29:34)

    怎么记得老板教的是跨内含子呢?就是F头在一个外显子上,R头在另一个外显子上,还说两条引物跨的内含子越大越好?有哪位大神解答一下啊
  • ns5fan (2015-8-31 17:29:53)


    跨内含子,就是在两个外显子上面,但是我们在做的时候,发现不一定必须引物设计遵循这个原则。
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