中科院、国家林业局Nature子刊发布测序新草图
来自国家林业局、中科院上海生命科学研究院的研究人员成功地绘制出了速生非木材森林物种毛竹(moso bamboo)的基因组草图，从而为研究和遗传改良毛竹提供了一个宝贵的资源。相关成果发布在2月24日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。
国家林业局的江泽慧(Zehui Jiang)教授和中科院上海生命科学研究院植物生理生态所的韩斌(Bin Han)研究员共同领导了这一研究。
竹子是世界上最重要的非木材林产品之一。大约有25亿人在经济上依赖于竹子，每年竹子国际贸易总额超过25亿美元。竹子有着相当令人惊讶的生活史，在开花前其具有长达数十年的营养期，由此限制了遗传改良。毛竹是世界上最重要的一种竹类植物，开展毛竹全基因组测序及后基因组研究，对全面掌握禾本科植物基因组信息，了解竹类植物生物学特性的遗传学基础具有重要意义。
在这篇文章中，研究人员报告了一个2.05-Gb的高质量的毛竹基因组序列草图，覆盖达95%的基因组区域。将毛竹与其他草本植物，包括水稻、玉米、高粱进行比较基因组分析，获得了竹子与关系接近草类之间快速及显著表型和生态差异的新遗传学认识。
研究人员通过基因预测模型鉴别出毛竹31,987个基因，其中大多数获得了cDNA和深度RNA测序技术的支持。分析簇集基因家族和基因共线性表明，这种竹子在700-1200万年前经历了全基因组复制。鉴别对于细胞壁生物合成至关重要的基因家族，研究人员发现全基因组复制事件生成了与竹笋形成相关的更多基因重复(gene duplicates)。RNA测序分析毛竹开花组织表明，干旱胁迫和开花基因之间存在一种潜在的联系。
毛竹基因组测序是中国继参与完成人类基因组、水稻基因组计划后，第一个由我国科研人员自主发起的重大基因组计划。该项目的重大成果，将对毛竹和其他竹类植物的遗传改良、基础生物学研究和进化研究具有重要的推动作用。
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