国家基因库发起国际“千种鱼转录组计划”

2013-11-20 15:08 来源: 华大基因
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  2013年11月19日,深圳国家基因库宣布一项具有重要开创性意义的国际“千种鱼转录组计划”(1, 000 Fish Transcriptome,Fish T1K)正式启动。该项目旨在解密鱼类的起源、进化、生殖、发育、性别调控和免疫等问题,助力科研人员开发出新的技术及策略,以更好地应对鱼类育种、疾病防控、海洋食品安全和生物多样性保护等带来的诸多挑战。

  相对于其他鱼类转录组研究,千种鱼转录组计划规模之大、学科交叉之广、综合性之强,在全球范围内尚属首例。该项目产出的所有数据将通过国家基因库进行公开,以保证科学家可以实时掌握鱼类研究动态及RNA-seq测序技术的最新应用。

  鱼类是所有脊椎动物中种类最多的群体。据估计,全球鱼类约有3万余种。很多鱼类具有极大的经济价值和医学价值,同时在生态保护中起着重要的作用,是自然界生物多样性的一个重要组成部分。测序技术和生物信息分析工具的飞速发展,使大规模鱼类转录组研究成为可能。但是,到目前为止,仅有约10种鱼类的基因组被公开报道。此外,NCBI公共数据库中,仅有80多种鱼类转录组数据。“鱼类组学数据的缺乏激发我们去建立一个大规模的鱼类转录组数据库。”深圳国家基因库负责人张勇指出。

  提到该项目的重要意义时,国家基因库海洋分库负责人、该项目带头人孙颖认为:“T1K项目将建立首个专门针对鱼类组学研究的全球性合作网络,并将大大深化我们对鱼类的比较生理学、生物地理学的认识,以及促进鱼类资源医用价值的挖掘、经济和生态价值的开发,海洋食品安全和生物多样性保护等问题的解决。”

  目前,该项目已建立了包括国家基因库、深圳华大基因研究院、美国乔治华盛顿大学、新加坡分子与细胞生物学研究所、美国国家自然历史博物馆、 加拿大圭尔夫大学、 中国水产科学研究院黄海水产研究所、昆明动物研究所、南海海洋研究所、中山大学等多家单位组成的国际一流的科研团队,计划在未来3-5年内完成约 1,000 种鱼类转录组的测序、组装工作, 并构建高质量的鱼类转录组数据信息平台。

  Fish T1K项目指导委员会成员——新加坡分子与细胞生物学研究所的Byrappa Venkatesh教授认为:“该项目有助于挖掘新鱼类生物多样性资源,帮助我们更好地了解鱼类的进化、适应性、生理调控机制以及为鱼类资源保护与品种改良提供新的设计策略。”这些资源将通过多种形式促进对鱼类基因表达的系统发育分析。另一位Fish T1K项目指导委员会成员——乔治华盛顿大学的Guillermo Ortí教授指出:“这些资源将成为鉴定一系列在进化过程中发生适应性变化的相关基因的有力工具,有利于揭示出隐藏在特殊表型背后的遗传机制。”

  目前,Fish T1K项目正在向全球研究人员征集子项目研究方案和鱼类资源样本,特别邀请致力于研究有独特适应性进化的鱼类,以及有特殊经济、医学价值的鱼类研究的科学家加入本研究计划。