【求助】基于SELDI 或 2DE技术蛋白质组文章很容易被拒

最新回复

• 89tongzijun (2013-10-17 16:10:15)

  有没有搞错啊，我才刚刚开始做2-DE

• TAT (2013-10-17 16:10:50)

  如果仅仅是一个profiling,现在被拒没有什么冤的。但如果能对找到的差异有比较深入地探讨，不能说这种技术有缺陷就拒绝人家吧，可不吓我，我现在手里面还窝着两个呢。2-DE结果受质疑，MS得不到普及，难道蛋白质组学研究要被几个大佬垄断了? 我还是会力挺2-DE几年的。

• redbutterfly (2013-10-17 16:11:21)

  没这么夸张吧，现在蛋白质组学类的杂志接受的已2-DE为基础的文章还占了相当部分，个人觉得2-DE技术在蛋白质组学领域中的重要作用暂时还是没法替代的！！！

• txwuyan (2013-10-17 16:11:46)

  我没有否定2D 技术, 有的paper基于2D做的非常好, 但是蛋白质组技术的发展很快, 2DGel和其他技术比较, 缺点更为突出, 所以期刊发表该类文章肯定考虑作者使用的技术, 使用2D技术的文章会影响编辑和审稿人对文章的评判. 我列出几篇2D技术缺陷参考文章：
  
  1.2D 技术发现的蛋白少：
  Protein profile of the HeLa cell line J Chromatogr A. 2004 Jun 4;1038(1-2):247-65.
  Approximately 3000 spots, excised from six two-dimensional gels, were analyzed. The analysis resulted in the identification of about 1200 proteins that were the products of 297 different genes.
  2D+银染通常可以发现1000左右点，考染更少， 3000个点我相信是接近2D极限了， 发现的蛋白质（单一基因产物）只有不到300个。 最早的2DLC-MS发现的1500个蛋白, IEF + 1D SDS-LC/MS/MS 可以发现5000-6000蛋白. 从几百个蛋白和几千个蛋白筛选出来的候选蛋白的差别是显而易见的.
  
  2。即使去除高丰度蛋白， 对2D的分辨率的提升也有限。
  a. Serum biomarker discovery in renal cancer using 2-DE and prefractionation by immunodepletion and isoelectric focusing; increasing coverage or more of the same? Proteomics 2008 8:5074-5085.
  Although this powerful prefractionation and analysis strategy allows the visualisation of multiple protein isoforms, it is insufficient to allow detection of lower abundance proteins in serum without the implementation of further strategies.
  
  b. Depletion of multiple high-abundance proteins improves protein profiling capacities of human serum and plasma. Proteomics 5:3292-3303
  However, the number of new spots detected on 2-D gels was modest, and most newly visualized spots were minor forms of relatively abundant proteins.
  
  3. 2D 定量受蛋白点重叠局限。
  4．Spot overlapping in two-dimensional maps: a serious problem ignored for much too long。Proteomics. 2005 Jun;5(9):2385-95
  
  4．最重要的一点， 用2DGel发现的biomarker往往在不同的疾病都是相同的，这些蛋白基本都是结构蛋白和高丰度的酶。即使发现到2000种蛋白, 信号分子,受体, 转录因子的比例也非常少. 如果你手头有2D结果可以比对。
  
  Deja vu in proteomics. A hit parade of repeatedly identified differentially expressed proteins。Proteomics. 2008 May;8(9):1744-9.
  
  TOP 15 most often identified differentially expressed proteins：
  Human:
  Keratins
  Annexins
  Peroxiredoxins
  Actins
  HSP27
  Tropomyosins
  GSTs
  Enolases
  PDIs
  Tubulins
  Cathepsins
  TCP-1
  Triosephosphate isomerase
  Pyruvate kinases
  Vimentin
  
  Rodents:
  Peroxiredoxins
  Enolases
  Tubulins
  PDIs
  Annexins
  Actins
  GSTs
  Tropomyosins
  Dihydropyrimidinase-like proteins
  HSP60
  Carbonic anhydrases
  Apolipoproteins
  ATP synthase beta subunit
  Malate dehydrogenases
  14-3-3 proteins

• kuohao17 (2013-10-17 16:12:14)

  
  基于SELDI或2DE技术蛋白质组文章很容易被拒？如果确实如此，是否说明这两个技术在蛋白质组方面将被冷落？这个两个技术是否还有深挖的可能？
  

• cwcwcww (2013-10-17 16:12:37)

  确实如此,我们以前基于2DE zoom胶的肝脏profile的文章在两年前就被拒了,更何况现在呢!不知道DIGE的文章现在好发吗?

• ero11 (2013-10-17 16:13:34)

  你就是2D+MS，现在发文章也很成问题，你光找了差异，没做后续的功能分析，又么子用啊。而且样本的处理也很重要的，你得排除由于处理样本数量不同而造成的差异。国内核心可能好投点，再过几年，估计也不行了。找差异这个东西，如果不深入后续的功能研究，投sci很难的。这种蛋白质组学的文章，去年国家自科，只要写了组学2字，绝对枪毙。2D本身没问题，是很有用的技术，就是不深入下去，那么就没研究意义。当然你可以说至少体现的差异，怎么没用呢？很遗憾，现在大家都很务实，光有差异，如果解释不了，大家都不买帐。
  一家之言，一家之言

• 66+77 (2013-10-17 16:14:05)

  的确，绝大部分发现的差异点，到后续就没有结果了。

• yueban-1147 (2013-10-17 16:15:19)

  
  我觉得仅仅找出差异蛋白,不能深入研究才是尖锐的问题所在.
  并不是技术本身的问题.---------功能研究
  还有一点就是,差异蛋白在疾病和正常人之间的角色并不是很清楚,是疾病表型的的原因还是结果呢?----------------------因果关系

• one (2013-10-17 16:21:33)

  
  做蛋白质组好的lab的的生物方面的储备还是欠缺，感觉以前组学主要集中在分析口了，没有很好的把二者结合起来，也就出现了找到很多差异蛋白（当然大部分都是一些无用的）而没有后续研究的尴尬现象。2-DE有缺点，但是也有他的优势，看使用的人怎么利用了。现在占上风的是组学无用论者，但是过几年就不知道了。科学就是在不断摸索中前进的。

• jkobn (2013-10-17 16:24:39)

  请教前辈2D-DIGE技术目前国内哪些实验室做得好一些，我是新手，准备做病变组织神经突触的蛋白质组学，可能要寻找磷酸化的蛋白成分差异点，希望高手指点设计。谢谢！

• one (2013-10-17 16:25:15)

  
  一篇综述，好像也没有那么悲观。

  
  51438527.snap.jpg

• IAM007 (2013-10-17 16:25:51)

  方法学的东西可以多看看BIo-RAD和GE这两个2D提供商的技术，有许多新的手段在改进2D，如Biorad的低丰度蛋白浓缩的试剂盒（proteinminer）和仪器（microrotorfor）。可以借鉴下。

• pencil菲 (2013-10-17 16:44:56)

  方法学的东西可以多看看BIo-RAD和GE这两个2D提供商的技术，有许多新的手段在改进2D，如Biorad的低丰度蛋白浓缩的试剂盒（proteinminer）和仪器（microrotorfor）。可以借鉴下。
  
  ===========================================================================================================
  
  真心希望BIO-RAD和GE能够在逆境中坚持下去，科学不是追求时髦，现在外界的某些急功近利，对这个技术有了不应该的歧视，时间是可以证明其有用性的！当然，任何技术都是有其优缺点两方面的，2d技术本身没有错，也没有过时，科学技术不存在过时这么一说！以坦然心态对待每一项技术，才能真正驾辕科学这辆马车，使其为人类服务！
  

• lixi559 (2013-10-17 16:45:31)

  利用2de技术在不同时间点分析差异蛋白的动态变化，并结合免疫印迹和组化证实，应该还是有意义的吧？

• lixi559 (2013-10-17 16:46:09)

  
  我发现的几个蛋白也在TOP15里！唉....

• mamamiya (2013-10-17 16:46:39)

  
  同意以上诸位的观点，蛋白组分析技术掌握再分析专家手里，而它们的生物背景很弱，分析之后不知道能解决什么问题，呼吁生物专家们利用这样的技术解决自己的问题，SELDI 或 2DE只是一种技术，如果不加以应用，很难有她的发展前途

• wiwi (2013-10-17 16:49:28)

  
  我觉得应该正确理解楼主的意思
  
  前几年，SELDI和2DE做个profile就能发文章，5分6分的都可以
  最近几年，SELDI和2DE做个profile再加上WB验证，也还能发文章
  现在，SELDI和2DE做个profile再加上WB验证，再加上功能、机制探讨，才能发文章
  
  这很正常，水涨船高，不进则退嘛
  
  早些时候，SELDI和2DE能发文章除了实验结果的原因，有很大一部分是炒概念炒的，后来大量的垃圾数据垃圾结果充斥各个杂志，才有了标准不断提高的趋势
  
  SELDI和2DE的技术比前几年要成熟，成功率也高了，试验周期也缩短了，做的人也多了，要是不长标准，那文章不都发爆了？呵呵
  
  所以，做SELDI和2DE的，也不要从技术上根本否定，只是在做这些实验之前，对实验的设计一定要精心，要比以前做的漂亮得多，才能发文章。
  
  事实上，现在SELDI和2DE做个profile就去投SCI的人基本上是自取其辱，怨不得杂志，这类人一般是没有好好读SCI文献，不知道自己和SCI的差距，前段时间也帮老板审过篇文章，也是2DE做个profile，鉴定出来一个差异蛋白，在功能讨论的时候居然张冠李戴说的是另外一个蛋白的功能可能有变化，所以我写到：your work may add some information, but mistakes should be corrected before, so rejected.

• 大尾巴 (2013-10-17 16:51:29)

  标准随着蛋白质组学的发展在发展。
  个人觉得如果能够提供可靠的数据解释目标的生物问题，肯定是可以的。
  ２ＤＥ并不是淘汰的技术，而是发展着的技术，只是很多实验室的技术需要发展提高。

• junhun (2013-10-17 16:53:25)

  基于2D-MS的蛋白组学已经接近被淘汰的了，基于shotgun加高分辨率质谱的定量蛋白组学目前已经逐渐成为国际上的主流。这个趋势很明显了