昆明动物所在预测蛋白质功能位点方面取得重要进展

2010-9-02 14:31 来源: 中国科学院
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   随着蛋白质结构信息的不断积累,以及结构基因组学不断的发展,越来越多的功能未知但结构已知的蛋白质提交到了国际大分子数据库中(PDB数据库),这些蛋白质的功能及其功能位点需要注释。而随着实验生物学的不断发展,以前一些已知功能的蛋白质的功能及其功能位点可能需要重新注释。因此,发展一种精确快速的可用于大规模功能注释的算法是结构生物信息学的重要研究内容之一。尽管已有许多算法用来对蛋白质结构或序列进行功能注释,但这些算法的精确性,敏感度等需要更进一步的提高。

  日前,中国科学院昆明动物研究所黄京飞研究员指导的博士研究生李功华,开发出一个新的预测蛋白质功能位点的算法(CMASA)。这个算法相对于其它已知的算法具有更高的精确性和敏感性,而且具有计算速度快的特点。利用CMASA,黄京飞研究员课题组研究人员对PDB数据库中的酶进行了催化位点的注释并发现了166个新的未被注释的酶的催化位点。

  该研究工作已发表在著名的生物信息学杂志 BMC Bioinformatics 上,CMASA可以通过本地址访问得到。