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【求助】请问质谱数据如果分析、搜索、处理?
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分离纯化了一个未知的蛋白质,交给外面的公司做了酶切和MALDI-TOF,返回来一些数据,想自己先分析一下,实验室没有人做过这方面的。请问如何分析搜索?去哪个数据库和网站?谢谢。
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字体: 小 中 大 | 打印 发表于: 2014-3-23 22:55 作者: 流星锤 来源: 分析测试百科网
最新回复
xingyi08 (2014-3-23 22:56:26)
流星锤 (2014-3-23 22:56:47)
remonte (2014-3-23 22:57:14)
用Mascot就可以了
uaubc (2014-3-23 22:57:39)
请问你在哪个公司做的质谱?价格怎么样?
bluelake (2014-3-23 22:58:07)
Ao7 (2014-3-23 22:58:54)
jiushikeshui371 (2014-3-23 22:59:15)
大家好,我们课题中要用到DIEG技术,血清蛋白质组学方面的,
不过我们学校目前做不了,要送到外面做,
我想请教下哪些实验室或者公司可以对外服务啊,
最好有联系电话和联系人,
谢谢啦!
标本已经收集好了,如果质量上乘、价格合理,应该很快就能做了。
yes4 (2014-3-23 22:59:37)
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电击伤
验证MALDI-TOF质谱鉴定结果
进入cuturl('http://www.expasy.org/') 网站,
在Databases下点击UniProt Knowledgebase ,
在新窗口右上点击Proteomics tools,
在Protein identification and characterization 下点击Mascot,
接下来选择Peptide Mass Fingerprint进入 MASCOT Peptide Mass Fingerprint 填表界面。
主要填表项说明:
Email 必填
Database 一般选SwissProt
Taxonomy 根据你的样品来源选择
Enzyme 选Trypsin
Allow up to 选1个错切
Fixed modifications 选Carbamidomethyl (C)
Variable modifications 选Oxidation (M)
Peptide tol 选0.2 Da
Mass values 选MH+
Monoisotopic 为默认
然后导入质谱分析结果包含Mass list 数据的文件,或在Query栏中手工输入蛋白的Mass list 数值,最后点击Start Search...
PPT (2014-3-23 22:59:55)
lz只做了一级么?
用pmf搜库的可信程度......应该不高吧
流星锤 (2014-3-23 23:00:18)
QUOTE:
我只做了一级,现在搜出来的结果都很不理想,都不能确定我的蛋白。做esi-q-tof可以确定吗?
shanzhapia696 (2014-3-23 23:00:44)
我做过这方面的实验
你得到的数据还是质谱图?
如果是数据的话,应该就可以进行网上检索了,进上面所说的网站,输入各项具体参数,然后就可以得到对应的蛋白的名称
如果是质谱图,就要先用DATA Explore 这个软件把图进行处理,根据内标外标的设定来减小误差,得到一组数据,然后的步骤同上
mogu (2014-3-23 23:01:51)
如果是二级质谱图的话,应该用MS/MS ion search搜吧!不过好像只能导入质谱文件搜索的。
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