9月3日，《科学》杂志刊登清华大学教授施一公和北京大学教授饶毅的评论文章《中国的科研文化》（China’s Research Culture），将中国科研经费分配中存在的弊端“曝光”给了国际学术界。9月7日，《人民日报》发表沈文钦教授文章《科研经费分配应远离权力和人情》，文章进一步提出，必须建立起以学术创新为宗旨的课题申请和科研经费分配制度。这些论述，一时间将科技界的目光集中到科研经费分配中的不公平现象。

　　在施一公和饶毅的文章中，抨击了在科研经费分配体制中“自上而下”的方式，认为大型科研项目的“指南”和专家评审程序没有发挥应有的作用，反而成为权势、关系和人情滋生的土壤。因此，这种自上而下的方式压抑了创新，减缓了中国潜在的创新步伐。他们将产生这些问题的原因部分归结于体制，部分归结于文化。沈文钦的文章进一步提出，我国目前的科研投入已获得了巨大的产出，但是在数量繁荣的表象下，却潜伏着质量的危机。其核心问题是，现在的科研经费分配体制，不利于鼓励自由探索，因此必须建立起由学术共同体主导的、鼓励自由探索的科研经费分配制度。