科学技术的发展直接受科研环境的影响，而科研管理体制对科研环境起着决定性导向和制约作用。当前，应尽快从宏观和微观层面对我国科研管理体制进行深化改革。为此，提出以下三点建议：
从国家层面优化科技管理体制是进行改革的根本起点。在资源配置方面，我国长期以来存在条块分割、多头管理、效率低下和重复浪费等现象。鉴于国家科技资源配置现状，一些科研部门和机构把单位和个人对外争取经费的数量大小作为对科研工作评价与考核的硬性指标，并且与后续支持强度或个人利益等挂钩；一些科研骨干为了得到更多经费而花费大量时间精力四处申请项目，无法真正安心科研工作本身。进一步，目前对很多重大科研项目缺乏认真的结题验收与科学评估，这无形中使争取科研经费在许多人眼中变成了比高水平科研工作自身更重要与更可行的奋斗目标。
为此，建议从国家层面设立宏观管理决策与协调机制，改革现行重大科技资源的配置和遴选办法。特别地，对于基础研究、公益研究、应用研究等不同类型的科研工作，要科学合理地设定竞争性研究经费与稳定支持研究经费的比例，特别要建立长期稳定支持基础研究的法规政策；同时要根据科学研究的特殊规律，实事求是地制定出科学合理的经费管理与使用办法，并加强监督检查。在目前状况下，至少可以在合理设置课题经费强度的同时，通过在国家层面建立信息共享等机制，严格控制科研人员从不同渠道申请和承担国家级重要科研项目的总数目。