基因检测临床应用中的难题：基因型与表型信息关联
新一代测序技术的出现，使得基因组数据以及新基因突变的发现呈现爆炸式增长。基因组学研究所面临的挑战不再是单纯的数据产生，而是数据的解读。基因组学的信息如果不能和临床、表型的数据关联，就不能很好地解释复杂的基因变异以及生物学相关问题。
与大多数研究不同，临床表型信息的收集，必须考虑临床医疗环境的约束、有限的资源、医生的时间限制，以及通常做诊断时的紧迫感。已有临床基因组研究指出，表型对罕见疾病遗传以及基因诊断的重要性，并且强调确保表型信息准确可靠对基因诊断的重要性。
什么是表型数据？
表型数据包括定量数据(体重，身高)、定性数据(行为)，照片，临床特征描述，病史，体格检查以及生化检查。表型信息的检测项目包括侵入性检测(如：血检，组织检测)和非侵入性检测(如：测心率，进行X光检测)。临床医生在做决定是否需要做这些检测之前，也需要结合相应的临床指标来加以判断。在罕见病诊断的过程中，还包括患者父母的表型信息。
表型用于临床诊断
表型信息对临床诊断策略的决策至关重要，包括基因检测之前和基因检测之后。基因检测之前，表型信息可以辅助锁定要研究的区域，帮助筛选检验项目。基因检测之后，表型信息可以和基因信息关联起来对疾病进行解释。
例如，一位病人患有主动脉病。而多个基因的变异都有主动脉病的发病有关，主动脉病不同亚型的临床表现之间也有重叠。因此，基因型分型对于这类疾病的发病机制、分型非常重要。
Loeys-Dietz综合征和Marfan综合征的表型非常相近，但是前者是TGF-beta受体基因(TGFBR1,TGFBR2)发生了突变，而后者是FBN1基因发生了突变。相反，EctopiaLentis综合征和Marfan综合征都是FBN1基因发生的突变，但是表型却有所不同。因此，将表型信息和基因型信息结合起来进行研究对疾病的判别至关重要。
多个环节衔接
在医疗保健领域，基因型和表型并不是完全独立的，在基因检测开展之前，有些疾病单凭表型信息是无法诊断的。在日前举办的《基因检测的临床应用》沙龙上，中日友好医院的顾卫红大夫也表示：现在，临床表型与基因型的结合研究越来越重要。在将临床表型和基因型进行关联的过程中，还需要多学科、多科室的协作，结合病史、体征、生化检测、电生理等相关表型信息，以及基因检测等遗传信息，对疾病进行诊断、分类，从而给出合理、有效的诊疗方案。而从基因检测结果中，可以判断病患的基因缺陷与遗传模式。最终将表型信息与基因型信息无缝地对接在一起。
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