3月15日，中央电视台曝光河南济源双汇、南京兴旺屠宰场收购、屠宰含“瘦肉精”生猪问题后，商务部高度重视，专门召开会议研究部署相关调查处理工作。立即责成河南、江苏省商务主管部门在当地人民政府统一领导下，依法开展调查，迅速采取相关措施。
商务部派出督导工作组赴河南督办查处工作，要求河南省商务厅指定专人现场监督济源双汇停产整顿情况;要求河南、江苏两省商务厅协同有关职能部门进一步查明河南济源双汇、南京兴旺屠宰场收购屠宰含“瘦肉精”生猪的事实真相;要求两省商务厅责成屠宰企业依法做好产品下架、召回、抽查检验和封存工作，主动接受社会监管和舆论监督。下发了《商务部办公厅关于全面检查生猪定点屠宰企业落实质量安全管理制度情况的紧急通知》，要求各地商务主管部门立即全面检查当地生猪定点屠宰企业质量安全管理制度执行情况，依法严肃查处违法行为;督促屠宰企业严格自查，严格生猪进场查验，如实记录屠宰生猪来源和生猪产品流向，全面落实肉品品质检验管理等相关制度。凡发现屠宰企业有违法行为的，要依法严肃处理，决不姑息迁就;涉嫌犯罪的，要依法移交司法机关，追究刑事责任。《通知》还要求，加强对生猪屠宰监督管理活动的工作人员的管理，凡滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任;尚不构成犯罪的，依法给予处分。