生态项目，顾名思义就是以恢复生态、保护生物多样性为目的的工程项目或综合项目。其中包括国家级项目，如三北防护林工程、京津风沙源治理工程、退牧还草工程、自然保护区工程等;国际援助项目，如联合国环境开发署、计划署在西南地区开展的生物多样性保护项目等;民间项目，如阿拉善生态协会、一些大型企业资助的荒漠化防治工程等;非政府组织(NGO)项目，如全球环境基金、大自然协会支持的小额贷款或赠款项目等。生态项目中，以国家项目为主，其资金来源最多、持续时间最长、影响最广。

　　巴音胡舒项目的最初资金来源于中央财政。自2000年开始，“中国科学院西部行动计划”连续两期资助、后由“中科院方向性项目”支持至今。这些费用主要用于科学家的研究活动，而涉及具体的工程如围栏建设、打井架电、奶牛站建设、公路修建、移民搬迁等，则使用国家工程项目经费。这需要与地方政府密切配合，即科学家出思路，政府出资金，牧民实际参与。