日本的食品安全体系比较完善，数次修订和制定食品安全相关法律，不仅有针对性地涵盖了“从农田到餐桌”的全过程，而且法律与时俱进，不断适应社会出现的新问题。
二十一世纪以来，在日本相继爆发O—157大肠杆菌中毒事件、二恶英污染事件、雪印乳品中毒和欺诈消费者等食品安全事件，从此打破了日本食品安全的神话。而2001年发生的BSE(牛海绵状脑症，俗称疯牛病)事件，更使得日本国民对政府产生了前所未有的不满。在此背景下，日本在数次修订1947
年《食品卫生法》基础上，2003年制定了现行《食品安全基本法》，标志着日本食品安全时期的全面到来。该法由三章、三十八条组成，较之于《食品卫生法》，该法在立法目的、立法原则和基本方针等方面都做了大幅度的调整。
日本《食品安全基本法》分为三个层次：第一，法律层面，如《食品安全基本法》、《食品卫生法》等，具备最高的法律效力;第二，根据法律制定，并由内阁批准通过的政令，如《JAS实施令》、《食品安全委员会令》等;第三，根据法律和政令，由日本各省制定的法律性文件，如《屠畜场法实施规则》、《JAS法实施规则》、《食品卫生法实施规则》等。