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【转帖】电泳图的Marker阅读要点
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最近在做PCR试验，发现要了解的东西太多了，很多非常基础的常识性的知识都很容易出问题，最近就出现电泳图中的Marker问题，一起做试验的前辈教我从最后一条开始数，最后一条为11，代表72bp，前面再类推。按此方法比较一直以为自己没跑出所需条带，降低条件反复跑。
然后坐下来总结经验，终于我认识到可能是Marker的阅读问题，并且在试验中我试着用不同的电泳时间看结果，发现有时候条带总共是10条，有时候是9条。我意识到按照最后一条条带来定位是不准确的。并上网查看Marker说明，发现不同的Marker说明表格显示有的总共11条，有的总共13条。但是在对照图片上可以发现最后的11号或13号甚至12号条带往往光有数据而不显示条带，这说明最后1条条带甚至倒数第二条条带是很难显示的。有时它们在同一个条带上标记两个数据，这是因为如果电泳时间或胶的浓度影响，有时无法分辨为两条。因此，我可以确信，用Marker比较一定要从起始端开始数，而不能根据最末一个条带来定位。拿到足够的证据，同已经做了1年多试验，就要发表文章的前辈讨论，但他仍然坚持自己的看法，说是老师教他的。终于我将这个情况跟技术员及老板讨论，最终获得认同。这样看来，这个问题也不简单。
我曾搜索本站寻求帮助，但无法获得有用的信息。可能大家认为这个问题太简单了，现在发这个帖子希望对初学者有帮助，因为它曾让我这个初学者走弯路。发帖加分受到鼓励，因此再花时间分享心得。
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最新回复
summerxx (2015-7-01 15:53:28)
同意你的观点，有的时候最后一条带是看不见的那
黄花菜 (2015-7-01 15:54:05)
是应该从大条带端开始数，原因有二：
1. 小条带跑得快，时间长了可能会跑出胶，所以电泳时要注意好时间；
2. 在电泳过程中EB是向阴极端运动，所以跑到凝胶下缘的条带染色很弱甚至不染色，也会看不到！必要时建议灌制长胶。
vtongli (2015-7-01 15:54:33)
marker中的小条带分子量较小，跑的时间长了容易弥散而导致看不清楚
toy (2015-7-01 15:56:12)
bring (2015-7-01 16:01:04)
QUOTE:
正解。dog002 (2015-7-01 16:01:21)
另外还有一些商用Marker，有一个条带亮度超过其他条带（比如为其他的两倍），比较容易分辨，也可以帮助定位！
eor (2015-7-01 16:01:57)
现在很多marker中间位置一般都会有一条较亮的带，可能是400，500，或者600，这个要看说明书。而且很多marker都会有浓度，可能作为相对EB就会使整块胶的背景一致，使小的条带也无处遁形。呵呵。
其实，任何简单的实验都不能忽视说明书，而想当然去做。
ha111 (2015-7-01 16:02:17)
QUOTE:
这种说法欠妥，在很多情况下，许多较大的条带都没跑开，特别是目的基因较小的时候，往往不会跑很长时间。因此，Marker的判断需要根据胶浓度、电泳时间等综合判断，一般来说从小条带开始数是合理的，当然，前提是不要跑过，因此，可以在电泳跑了一半时查看一下。另外，需要结合中间位置的某几条特征条带（这几条带的亮度和分布间距都是很容易判断的），这样基本上不会出错。8s5g (2015-7-01 16:03:38)
我最近刚刚开始遗传科室的科研实习，正在做SDS-PAGE和琼脂糖凝胶电泳，前辈们的讲解很受益呀，学习了~~
mickeylin (2015-7-01 16:03:55)
mickeylin (2015-7-01 16:06:10)
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1、其实楼上几位都有各自道理，没有谁的绝对错误，只是需要把实验条件说清楚！
（1）如果电泳时间短（<10分钟），大条带没有跑开，不易分辨，此时可结合marker中的特征条带进行识别；
（2）如果电泳时间适中（15分钟左右），条带基本都可以跑开，此时可从大条带数起，也可使用特征条带来快速定位；
（3）如果电泳时间过长（>15分钟），小条带可能会跑出胶外或因为所处位置EB浓度的降低而不易识别，此时最好从大条带数起，也可使用特征性条带来快速定位。
2、个人经验，最好买带有特征条带的marker，虽然贵一些，但不论在电泳的什么条件下，均容易快速、准确的识别条带。
3、个人认为，如果所用marker没有特征条带，最好从大条带数起，如果因为电泳时间短，大条带没有跑开，可以继续电泳数分钟，直至大条带跑开为止。不应从小条带开始。
dior (2015-7-01 16:06:29)
不要听老师说，或者师兄说，一定要亲自读一读说明书。
veiwu (2015-7-01 16:07:12)
QUOTE:
相当同意dog002 (2015-7-01 16:07:53)
对，一定要自己试过才知道
如果想看小于100bps的条带，电泳时间还是不要超过15分钟。我用200v，15分钟，可以很清楚地看到。时间比电压更关键，我个人感觉。时间过长，我也看得到。。只不过不那么亮了。O(∩_∩)O~多加点ＥＢ
finger (2015-7-01 16:08:34)
请教跑的是琼脂糖还是聚丙烯酰胺？百分之几的胶？
cj_mondy (2015-7-01 16:09:42)
这么数未免有点片面，数错了活该。
对ｍａｒｋｅｒ条带，首先要作的是看看跑出的条带与marker应有的条带数量是否一致，其次要看条带的位置分布特征与marker说明书上标准图形是否一致。
发生条带数量不一致的情况大致会有两种，一种是条带过密，没法数准。另一种就是小分子量的条带跑到外面去了。这时候最可靠的判断方法应该是根据条带间距特征与亮度特征来分辨条带的分子量。
2541 (2015-7-01 16:10:23)
dior (2015-7-01 16:12:22)
配的胶的浓度很重要，常常出现不同的问题！！
dog002 (2015-7-01 16:12:52)
对于商品化的marker拿到后连说明书都不看就做试验，你也真够牛的！可能“懒”更贴切些！
这种帖别说技术含量连基本常识都不明确还自以为发现新大陆般给boss报告！？
唉！
居然还要求加分，真是够厚的了！
dog002 (2015-7-01 16:13:11)
QUOTE:
支持！的确是活该！
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