Early B cell factor 1(EBF1)是协调B细胞谱系发育所需的关键转录因子之一。尽管研究表明Ebf1单倍剂量不足(haploinsufficiency)参与白血病的发展,但尚未表征Ebf1杂合性对pro-B淋巴细胞蛋白质组的全局影响。来自德国弗莱堡马克斯普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所Gerhard Mittler团队,通过DDA(data dependent acquisition)和DIA(data independent acquisition)质谱技术鉴定Ebf1+/+ and Ebf1+/-细胞系间的差异表达蛋白,发现DIA鉴定结果无论是蛋白鉴定数目还是得到的差异蛋白数目,均要优于DDA鉴定结果。
中文标题:蛋白质组学DIA+PRM技术研究Pro-B淋巴细胞Ebf1杂合性
发表日期:2018.1.5
发表期刊:J Proteome Res.
主要运用技术:DIA+PRM
图1 | 比较DDA和DIA方法鉴定到的肽段、蛋白质和差异蛋白数量
接着该团队选择了5种差异蛋白(EBF1, Pax5, TCF3, BCL2 and TNPO3)进行PRM(Parallel Reaction Monitoring)验证,验证结果与DIA结果相吻合。结果表明与EBF1相似,其他B细胞谱系调节因子(例如TCF3和Pax5)的表达也在Ebf1杂合细胞中下调。此外DIA差异表达蛋白的功能性分析显示,EBF1杂合性导致至少八种参与淋巴细胞生成的转录因子的失调,并且导致在pro-B淋巴细胞的存活、发育和分化中起作用的关键蛋白的失调。
图2 | 候选蛋白的PRM相对定量验证结果
Musa YR et al. Comprehensive Proteomic Investigation of Ebf1 Heterozygosity in Pro-B Lymphocytes Utilizing Data Independent Acquisition. J Proteome Res. 2018 Jan 5;17(1):76-85.
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