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一个核心的实验数据总是需要另一个不同的实验手段加以验证。同样，定量蛋白质组的结果（无论是标记定量还是非标记定量）也必须通过其他的实验给予证实。传统的蛋白质组数据的验证往往通过基于抗体的分析方法（例如，Western blot或ELISA）。
 近年来高速发展的质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM）已经成为验证定量蛋白质组数据的主要分析手段。这项技术集中表现在三大优势：
1. 基于质谱信号响应的定量信息远比基于图像信号的定量分析更为准确；
2. 一次MRM分析可完成多个靶标蛋白质的定量测定；
3. 实验费用经济，节省时间。 
 

    相关文献：
Wang Y et al. Discovery of potential colorectal cancer serum biomarkers through quantitative proteomics on the colonic tissue interstitial fluids from the AOM–DSS mouse model[J]. Journal of Proteomics, 2016, 132:31-40.
 
 
Zi J, Zhang J, Wang Q, et al. Stress responsive proteins are actively regulated during rice (Oryza sativa) embryogenesis as indicated by quantitative proteomics analysis[J]. PloS one, 2013, 8(9): e74229.