如何定量检测单个基因的DNA甲基化水平？

众所周知，p-1030、p-1032和p-9005这3个试剂盒都是用来检测总体水平的5mC、5hmC和m6A的量，不能检测单个基因的。那么现在就来聊聊，如何检测单个基因的DNA甲基化水平，比如DNA 5mC甲基化水平、5hmC甲基化水平，以及RNA m6A甲基化水平。

一、如何定量检测某基因的DNA 5mC甲基化水平？

如果是检测总的，一个p-1030或者p-1034就可以搞定，简单快捷，结果还好看。但是针对特定基因的话，就不能用这么用了，参照以下：

1.BSP是甲基化检测的金标准，这里就不细说了。主要说说MSP—甲基化特异性PCR。MSP的实验过程简单来说就是提取样本中的DNA进行亚硫酸盐转换，zui后将转换的DNA进行定量PCR，由此来确定特异基因甲基化修饰。Cat#p-1026 BisulFlash DNA Modification Kit 搭配 Cat#p-1028 Methylamp MS-qPCR Fast Kit

搭配描述：用户可用自己的方式提取DNA，再用p-1026进行亚硫酸盐转换，转换后甲基化的5-mC保持不变，没有甲基化C转换成U。之后用p-1028进行MS-qPCR，针对目的基因设计一对靶向甲基化区域的引物进行PCR即可。而且用我们的MS-qPCR可将时间缩短到70min（1h 10min）钟哟，普通的一般需要（2.5h）

转换流程和结果展示：

2.IP是个非常常用的技术手段，有些人以为IP只能下拉蛋白，是不是？IP抗体+磁珠，下拉下来的不就是蛋白嘛！但是，如果你现在需要的IP试剂盒是含有5mC的DNA对吧？Cat# p-1015：Methylamp Methylated DNA Capture (MeDIP) Kit Cat# p-1052：EpiQuik MeDIP Ultra Kit 搭配 Cat# p-1028：Methylamp MS-qPCR Fast Kit Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：用户可用自己的方式提取DNA，再用p-1015或者p-1052进行5mC甲基化DNA下拉富集，再用p-1028进行甲基化特异性PCR实验，进行特异基因甲基化的定量。也可以使用p-1029进行qPCR。

富集流程+结果展示：

二、如何定量检测某基因的 5hmC甲基化水平？

关于DNA羟甲基化的定量检测，检测总的话就是p-1032，基于ELISA的方法，可进行的定量。而特异基因的5hmC检测参照的方式与5mC的一样，也是先IP下来所有的5hmC DNA，再进行定量检测。

Cat# p-1038：EpiQuik Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP) Kit 搭配 Cat# p-1029:  EpiQuik Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：客户可用自己的方式提取DNA，再用p-1038进行5hmC甲基化DNA下拉富集，再用p-1029，进行特异基因5hmC甲基化的定量。

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三、如何定量检测某基因的 RNA m6A甲基化水平？

很多小伙伴想用p-9005这个试剂盒来检测单个基因的m6A的量。但是，它也不能检测单个基因的RNA m6A的量。所以，至于如何进行单个基因的，先进行IP，再进行PCR实验，这里就多了一步反转录。Cat# p-9018：EpiQuik CUT&RUN m6A RNA Enrichment (MeRIP) Kit Cat# 202-003：m6A 抗体 搭配 Cat# p-1029:  EpiQuik? Quantitative PCR Fast Kit

搭配描述：用户可用自己的方式提取RNA，用p-9018进行m6A RNA富集，将富集后的m6A RNA进行发转录后，进行qPCR。也可以使用p-9018和202-003 m6A抗体，进行IP实验，适用实验类型多，物种广。

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文章来源：如何定量检测目的基因甲基化水平

https://www.amyjet.com/featured/m6a-5mc-5hmc.shtml