比较蛋白质组学基本知识 3
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下一篇 2008-04-13 20:27:17
2 定性差异分析技术
定性差异分析技术只能提供蛋白质有/无的差异,当其含量低于体系检出下限时,则判定为无。对于样品中都能检出的蛋白质不能提供含量差异的信息。一种是“bottom up”路线,即从蛋白样品的酶切片断来鉴定蛋白。如Hochstrasser 等在2DE 的基础上发展的分子扫描的方法,该方法将整张2DE 胶上的蛋白同时酶解,并将酶解片段同时转移至一张PVDF 膜上,然后使用MALDI-TOF-MS 对膜上的样品进行逐行整体扫描。该方法可提供由蛋白质谱鉴定结果表示的2D图谱,从而免去了蛋白点显色、检测的步骤,将检测灵敏度直接提高到了质谱的水平,并提供了自动化、大规模进行蛋白鉴定的方法。另一种路线是“top-down”。该方法通过分析完整蛋白的精确分子量来
鉴定蛋白。如用傅立叶变换质谱给出精确分子量和氨基酸序列标签。
3 修饰分析
在生物体内许多蛋白质是发生了修饰的,蛋白质的修饰对其生物功能有重要的调节作用,蛋白质修饰研究是蛋白质组学研究有别于基因组学研究的重要特点之一,并已成为蛋白质组学研究的一个热点。
但由于蛋白质修饰的复杂性和动态性,同时也成为难点之一。修饰基团约有20 余种类型,研究较多的修饰有磷酸化、糖基化、泛素化等。一般来说,最直接和有效的方法是2DE 比较,因为发生了修饰的蛋白
质其分子量和等电点会发生有规律的变化,2DE 会将这种变化的种类和强度表现出来。2DE 后还可进行Western blotting 使用特异抗体寻找修饰蛋白从而对其鉴定。修饰位点分析可借助于质谱技术,通过
去除修饰基团后的质量差来确定修饰肽段和修饰数目。
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