来源：
生物技术世界 文/Gina Shaw 译/杨勇飞
一些可能成为生物标记的
蛋白质存在于成分复杂的
细胞提取样品中，Pierre Thibault博士希望能够得到这类蛋白质的表面结构和特征的有关信息。然而，细胞提取样品中的所有其它成分的存在不利于寻找这类蛋白质，而且，采用传统的“蛋白质体学鸟枪法”来确定这类蛋白质特征经常会遗漏一些低水平表达的蛋白，现在，蒙特利尔大学免疫与
癌症研究首席调查员兼蛋白质仪器主管的Thibault就主要致力于如何确定提取液中这类低丰度蛋白质的特征。
Thibault说：“用不同生物标记方法研究获得的任一蛋白质提取物都含有各种不同类群的蛋白质，这种多样性不仅来源于蛋白质提取液的不同，而且还源于动态分布和蛋白质丰度。所以，现在的问题是，你如何能够知道这些结果中哪一个蛋白质具有统计学上的重要性？你应该把你的研究重点放在哪里？哪个蛋白质能够真正代表样品的不同？”
数据依赖性的MS/MS获得法能够解答这些问题，尽管这种方法只能鉴定样品中存在的蛋白质的一小部分。通常，此法检测出的蛋白都是含量极高的，但是含量高并不意味着重要，如可能忽略了关于疾病的生物标记。
Thibault说：“通常情况下，只有不到5%的样品蛋白才是研究人员需要的，所以如果做一个全面检测的话，你将会把95%的时间用来鉴定对你毫无价值的东西上。”他还说：“假想这里有一种确定表面结构的方法。通过结合2-D液体
色谱与
质谱技术，从样品中区分大量的肽链峰值。我们不禁疑惑：我们是否能够真正的识别那些丰度变化的肽链，并用它们代表原始蛋白。”
通过使用
安捷伦的HPLC 芯片/6210 TOF LC/MS系统, Thibault能够解除这一疑惑。他的TOF表面形状确定的方法识别丰度改变了的蛋白质，例如,在被促进
肿瘤诱发的试剂刺激下的单核细胞细胞中能识别丰度改变了的蛋白质。Thibault解释说：“在大多数情况下，多数的蛋白质不会改变，但是我们能够找到表达被上调或下调的蛋白。”
一旦Thibault团队得到了一连串的有差别表达的蛋白质,这些蛋白质会被作为目标，用
离子阱质谱仪的MS/MS系统确认。“HPLC-芯片系统在我们的ESI-TOF MS系统和离子阱MS系统间可以完全地转移,因此，我们能使用相同的方法和HPLC分离技术来进行表面形状确定和识别，从本质上来说，这种方法与MS/MS系统相同。”Thibault还说：“它是让我们挖掘复杂样品并且得到可靠结果的一个可重复的、结果一致的平台。它能让你在通过其它实验以后仍然没有充分的数据证实的情况下，再一次检测样品，而这正是其优势之一。”
当然，这一过程并非易事，它需要有着高敏感性和高特异性的精确校准软件来进行有效的多肽链探查。这款软件已经在Thibault的
实验室里至少制作了3年。Thibault说：“这只是第一步，你还需要有个有效的动态排布来进行侦测，这样你才会知道由于样品复杂性或是样品丰度而带来的出错率。
当这种能够精确调节、指导表面形状分析的方法在不同情况下，成为识别大量变化蛋白质的有成本效益方法的时候,Thibault仍然未完全满意。“这种方法使我们在所有的分离中为获得最高容纳量和解决能力增添了压力。我希望得到另一个不需要分馏处理的平台。”
最后，他说,未来蛋白质生物标记的发现在于捕捉到来自样品的更多信息的能力,而这需要另外的分离尺度。“这需要改善你的最高能力――结合不同分离尺度的能力，可以通过很多方式做到这一点，而且许多企业也正在对这一技术进行革新。”
（译自《Bioscience Technology》）
