XCMS2: 处理串联质谱数据进行代谢物鉴定和结构表征

Benton HP, Wong DM, Trauger SA, Siuzdak G. Anal Chem. 2008 Aug 15; 80(16): 6382-9. Epub 2008 Jul 16.

摘要：代谢组学质谱法代表着生物信息学技术发展的一个新领域。虽然目前使用的计算工具，如XCMS 可以通过统计评估和排列LC-MS 特征离子，但还是不能提供结构鉴定方面的信息。XCMS(2) 是一个开放的资源软件包，用于从参考数据库(MELIN) 所含已知代谢物的高质量实验MS/MS 数据中自动检索串联质谱(MS/MS) 数据。命中分值的计算是基于“共有峰计数(shared peak count)”法，即鉴定分析MS/MS 图谱和参考图谱之间同有的碎片离子数。XCMS(2) 的另一功能是可以提供METLIN 数据库中没有的未知代谢物的结构信息。这种“相似性检索”方式，专为检测未知代谢物中可能的结构基序而设计，这些代谢物可能产生与METLIN 所含参考化合物相关的特征碎片离子和中性丢失，甚至母离子质量并不相同。