简化重亚硫酸盐甲基化测序(RRBS)碧云天NGS测序 应用于基因/测序

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碧云天高通量测序服务询价表

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《 碧云天高通量测序服务询价表》，发送至ngs@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。

2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。

3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。

2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。

3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。

4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。

5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给ngs@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。

2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。

3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。

4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。

5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。

6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。

7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天简化重亚硫酸盐甲基化测序技术服务项目明细：

简化重亚硫酸盐甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)： 通过酶切富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，从而研究甲基化与基因表达的相关性及在生命活动中的作用。

技术流程

技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序数据量：建议5-6 Gb/样本(约30-40M Reads)
测序及基础分析周期：20个工作日

样品要求

1. 样品总量：≥ 3 μg DNA（常规样本），≥ 5 μg DNA（FFPE或降解DNA样本）。

2. 样品纯度：OD_260/280 = 1.8-2.0。

3. 样品完整性：DNA无明显降解与蛋白污染，需提供凝胶电泳检测胶图。

4. 样品运输：DNA低温运输(-20℃)；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；收到样品后，甲方需要对样品进行检测，最终样品的量和纯度，以甲方的检测结果为准。

数据分析内容

1. 测序数据质量评估(QC)

2. 比对到参考基因组与数据统计

3. Promoter与CGI甲基化水平分析

4. Promoter与CGI覆盖度和测序深度分析

5. 差异Promoter检测

6. 差异Promoter基因GO功能注释分析

7. 差异Promoter基因的生物学通路分析

应用案例

非CpG岛甲基化在人不同类型细胞中的分布和差异
Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types. PLoS Genet., 2011,7: e1002389.

DNA甲基化发育和疾病中起着重要的作用。脊椎动物的DNA甲基化主要位点是在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下，此类型大约占人类细胞和小鼠细胞的总甲基化含量四分之三。尽管我们对CpG甲基化的基因组分布、个体间的稳定性、功能作用有深入的研究，但是对CPA，CPT和CPC（非CpG岛）二核苷酸的DNA甲基化方面知之甚少。
利用RRBS测序对人类多功能细胞和分化细胞的非CpG甲基化与76个基因组库的DNA甲基化图谱进行深入分析，确认非CpG甲基化主要存在多能干细胞类型，与DNMT3表达水平存在很强的相关性，并可能与CpG甲基化存在空间上的相关性。

人类不同细胞类型的CpG甲基化和分布情况
CpA甲基化情况和DNMT3基因表达水平密切相关

简化重亚硫酸盐甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点，与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法，在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。利用RRBS可以实现多个样本的比对基因组分析。

碧云天高通量测序与数据分析技术服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途