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MetaboScape深入挖掘时间序列实验背后的隐藏信息

发布时间: 2021-04-09 13:45 来源:布鲁克(北京)科技有限公司-质谱仪器

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多参数实验设计(例如,不同的细胞系,不同的培养基等)随着时间变化的研究在生物制药、代谢组学、脂质组学、表型组学十分常见。这种实验设计可以研究比如,细胞对于病原体的攻击做出的免疫反应的相关标志物。MetaboScape®支持通过直观的可视化评估多参数时间序列实验,从而轻松确定相关变

挑战

怎样在多组实验数据中发掘相关差异信息?



方案

MetaboScape®可以通过直观的工作流程和专用图表快速确定多参数实验设计中随时间发生的相关变化,从而能够快速评估时序实验中的数据并发现相关差异。时间序列图表与相关性分析图表相结合,可深入挖掘实验背后的相关标志物。



实战

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CD8+T细胞在免疫反应中起关键作用。它们被抗原呈递细胞激活,并可以杀死癌细胞或已被病毒感染的人体细胞。为了更好地了解激活过程中的代谢,我们在体外模拟了激活过程,并观察了96小时内的细胞内代谢产物。


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通过和数据库匹配并用标准品验证了保留时间,鉴定出了三个多胺代谢途径(polyamine pathway)中的三个物质。
我们观察到亚精胺和精胺的显著增多,而它们的前体精氨酸基本保持不变,之后,亚精胺的峰强度略微超过其产物精胺(请参见下图中的箭头)。

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利用相关性分析鉴定出了三个化合物变化趋势和精氨很像。

相关性分析和时序变化图之间的联系使我们很容易研究这些相似的强度随时间的变化趋势。


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这些化合物之一(上图黄色高亮)被鉴定为S-腺苷高半胱氨酸(SAH)。该化合物与S-腺苷甲硫氨酸(SAM)有关。SAM及其衍生物在例如RNA修饰中起重要的生物学作用。在化合物列表中进行的详细检索后,又找到另外两种相关化合物:SAM和5'-甲硫基腺苷(MTA)直接参与多胺的生物合成。

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三次生物学重复的SAM强度不一样,但是变化趋势基本一致,都是随着多胺代谢途径变化,这也证明了该实验的可重复性很好。

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