Nat.Med. |苏黎世Ruedi Aebersold教授用PCT-SWATH/DIA将组织样品信息转换为永久蛋白质组图谱信息

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前言

做科研的广大研究者们都知道，科研样本对于我们的研究起着决定性的作用。对于我们来说每个样本都是独特的、珍贵的、甚至有些样本是非常难获取的，或许有时候的损失可能会带来延期、重制样、甚至错失发文先机。本篇由苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold教授团队在Nature Medicine杂志（IF=30.641）发表题为“Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps”的研究论文，该研究提出了一个方法，可以快速稳定地将组织样本（约切片大小）转化为一份数据文档，永久地存贮这个样本经质谱分析得到的蛋白质组结果。

基本信息

英文标题：Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps

中文标题：将组织活检样品快速质谱转换为永久定量数字蛋白质组图谱

材料：组织活检样品           

影响因子：30.641

发表期刊：Nat.Med.                        

主要技术：PCT-SWATH/DIA

研究背景

    本质上，每个临床样本都是独特、珍贵，并且不可复制的。像组织切片那样的小样本，常常会被有限的几个分析项目所瓜分。我们这里提出了一个方法，可以快速稳定地将组织样本（约切片大小）转化为一份数据文档，永久地存贮这个样本经质谱分析得到的蛋白质组结果。这个方法结合了循环压力技术（PCT）质谱连续窗口分段式扫描技术（SWATH）。我们可以在电脑中反复对产生的海量蛋白谱图进行分析，相互比较和数据挖掘来发现和量化特异的蛋白表达情况。在这篇文章中，我们用这个方法将来自9个肾癌病人的18个组织切片分别转化为SWATH-MS多肽离子碎片谱图，并从这些谱图中对2000个蛋白样本进行定性和定量分析。我们发现肾组织切片的蛋白质组测序结果具有很好的可重复性，而且能完全将肾癌病人和健康人，以及不同组织形态的肾癌亚型区分开来。

实验方法

1.   组织裂解和蛋白质提取(~1 hr)

2.  蛋白质消化
 

3..SCX分馏
 

4.SWATH/DIA-MS 数据采集（~3hr）

5.针对性数据分析

6.统计分析

不同技术重复之间的变异系数；

 

组间和组内的变异系数：

不同癌症分型间的聚类分析:

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PCT技术是一种基于循环超高压的快速破碎微量样品的技术。具有速度快、损失少、操作简便、保真度高等特点，结合SWATH（DIA模式）的全范围扫描技术，特别适合大队列（几十上百甚至上千个样品）、少量样品（比如组织活检样品）蛋白组批量分析。文章采用PCT-SWATH技术进行肾癌样品的批量分析，不仅能区分健康组织和肿瘤组织，还能实现对癌症的分子分型。进一步的，该方法还可以应用于药物功能分析、突变功能分析等多个研究领域，是从蛋白组层面进行大队列分析的理想方法。

参考文献

Guo T. et al., Rapid mass spectrometric conversion of tissue biopsy samples into permanent quantitative digital proteome maps. 2015, Nat Med.

作者简介


 

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