LC-MS全代谢组 LC-MS Metabonomics

LC-MS全代谢组

LC-MS Metabonomics

全代谢组又称非靶向代谢组（Untargeted metabolomics），对样本进行全面的、无侧重的检测，通过比较实验组和对照组样本，找出差异代谢产物，结合生物信息分析，找出富集差异通路，整合代谢网络。全代谢组旨在提供一个全面的研究视角来比较差异，通常用于标志物的筛选、分子机制研究及多组学整合分析。

LC-MS全代谢组学 

技术的优点

实验流程

分析内容

送样要求

 注：顶空进样的样本最少2g

仪器设备

Thermo Scientific TSQ Altis

AB Sciex TripleTOF® 5600

小鹿智囊

1、代谢组研究相对于基因组和蛋白质组研究而言有什么不同之处？

主要特点包括三方面：一、基因和蛋白表达的有效的微小变化会在代谢物上得到放大，从而使检测更容易；二、代谢组学的技术不需建立全基因组测序及大量表达序列数据库；三、因为代谢产物在各个生物体系中都是类似的，所以代谢组学研究中采用的技术更通用。 

 2、代谢组的样品重复性有什么要求？ 

代谢组学基于多元统计分析方法进行的，在样品准备上相对于转录组和蛋白质组而言需要更多的重复数据。一般建议植物样品：最少6次，建议8次生物学重复；

模式动物及微生物样品：最少8次，建议10次生物学重复；

临床样品：30次生物学重复以上，如组织样品不好取样，可控制在20次重复以上。

 3、靶向代谢检测平台的选择？

GC-MS和LC-MS两种平台各有优势，主要是由目标化合物的理化性质决定，GC-MS适合易挥发性、分子量不太大的化合物，而且，离子源为EI，碎片信息多，有成熟的图谱库，便于化合物检索，对于非挥发性成分则需要衍生化；而LC-MS离子源为APCI或者ESI源，适合做中等或强极性的化合物，分子量范围广，灵敏度高，前处理简单，但是LC-MS的价格要贵点，因此可以根据实际情况选择合适的检测平台。

 4、关于代谢组数据库问题，老师经常问起数据库是商业库还是自己建的库，类型？

GC-MS数据库：Nist、feihn；

LC-MS数据库：HMDB、Metlin、自建库（大连化物所-许国旺组）。

实例分析

冠状动脉疾病综合代谢组学特征分析

基本信息

材料：冠心病患者血清                             主要技术：LC-MS全代谢组、靶向代谢组

期刊： J. Am. Coll. Cardiol                      影响因子：19.896

文章摘要

对来自四个中心的2324名疑似冠状动脉疾病（CAD）患者进行造影检查，分组如下：正常冠状动脉（NCA），非梗阻冠状动脉粥样硬化（NOCA），稳定型心绞痛（SA），不稳定型心绞痛（UA）和急性心肌梗塞（AMI）。通过LC-Q-TOF-MS分析代谢图谱并进行分析。通过对CAD样本的交叉验证比较，共鉴定了89种差异代谢产物。改变的代谢途径包括降低的磷脂分解代谢，增加氨基酸代谢，增加短链酰基肉碱，减少三羧酸循环，以及减少初级胆汁酸的生物合成。作者还发现12个生物标志物AUC值可达0.938至0.996（n = 1,086），在测试阶段预测值为89.2％至96.0％（n = 933），外部集也达到85.3％到96.4％（n = 305）。

方法流程

1、CAD患者

2、血浆收集

3、LC-MS分析

4、差异代谢物

5、OPLS-DA统计分析

6、代谢通路富集

7、代谢产物及相关性分析

8、诊断标志物

9、ROC曲线及外部测试

小鹿推荐

代谢组是寻找生物标志物最常用的手段之一，但目前大多数代谢产物生物标志物还不足以取代现有的临床测试，一方面，疾病阶段的复杂性使大多数代谢产物的预测结果受到影响，另一方面，重复性不佳而导致生物标志物的灵敏性和特异性减弱。本文通过对冠心动脉疾病的不同分组及交叉验证确定了代谢标志物，并利用来源不同的样本进行验证，保证了代谢产物标志物的灵敏性、特异性及可重复性，值得临床研究的借鉴。

文献来源

Fan Y et al. Comprehensive Metabolomic Characterization of Coronary Artery Diseases. 2016, J. Am. Coll. Cardiol.

LC-MS全代谢组 LC-MS Metabonomics信息由上海鹿明生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于LC-MS全代谢组 LC-MS Metabonomics报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途