naica️®微滴芯片数字PCR系统在RNA质量评估的应用

国家CDC在Diagnostic Microbiology and Infectious Disease发表了一篇文章，文中使用naica^®微滴芯片数字PCR系统检测了不同时间段临床流感样本的病毒载量，来评估RNA完整性和样本采集质量及对监测系统中流感诊断的影响。.

应用亮点：

▶ 使用naica^®微滴芯片数字PCR系统完成RNase P(RNP)RNA和流感基因的检测。

▶  低病毒载量的流感样品（<10 拷贝/μl），在采集八天后依旧可以被naica®微滴芯片数字PCR系统检测到，高低病毒载量的流感样品之间存在明显不一致的降解速率。

▶ 检测作为样本采集质量的关键指标RNase P(RNP)RNA，对于流感的预防和控制至关重要。

流感监测对于流感的预防和控制至关重要。然而医院一般只进行流感抗原快速检测，核酸鉴定却在网络实验室进行。由于流感病毒作为一种RNA病毒，不如DNA病毒稳定。因此诊断目标区域的RNA稳定性和完整性是实验室检测的主要挑战，并且人们对冷藏临床标本中流感核酸的稳定性也知之甚少。本文采用先进的核酸定量技术--naica®微滴芯片数字PCR系统、用于对临床样本的RNA完整性进行系统评价，探索流感监测标本质量控制和评价的科学方法。

通过实时RT-PCR检测的所有甲型或H1型流感阳性样本用数字RT-dPCR检测也呈阳性。图1清楚地显示了RNA随时间的降解。在甲型流感和H1流感测试中，RNA降解随着时间的推移不断扩大。在所有四个时间点通过数字RT-dPCR共检测了91个甲型流感病毒阳性样本的RNA含量和72个H1阳性样品的RNA含量，发现低病毒载量样本RNA降解比高病毒载量更显著且速度更快。在低病毒载量甲型流感样本测试中，第4组RNA降解率为75%至100%共有8个，其中有5个样本的RNA降解为检测不到（图1C）。在H1测试中，在第4组中75%至100%的RNA降解有9个低病毒载量样本，其中7个样本的RNA降解为检测不到（图1D）。

▲图1.阳性样本的RNA随时间降解。(A)甲型流感阳性样本的RNA降解。(B) H1阳性样本的RNA降解。(C)低病毒载量甲型流感样本的RNA降解。(D)低病毒载量H1样本的RNA降解。(E)高病毒载量甲型流感样本的RNA降解。(F)高病毒载量 H1 样本的RNA降解。RNA降解=（第1组RNA含量-第n组RNA含量）/第1组RNA含量*100%。Y轴代表样本数。蓝色条表示0-25%之间的 RNA 降解，橙色条表示 25%-50%之间的RNA降解，灰色条表示50%-75%之间的RNA降解，黄色条表示 75%-100%之间的RNA降解。

在研究中使用第1组RNP和流感RNA浓度参数比较样本采集质量。RNP值是样本采集质量的关键指标。样品质量采用 A-D 等级进行评估。图2表明，样本采集质量存在明显变化。图3比较了四家医院的样本质量。在甲型流感检测中，从M医院采集的样本质量最好，N、L、P医院采集的样本质量次之；在H1测试中，医院N采集的样本质量最好（图3）。

▲图2：样本采集质量评估。(A)使用甲型流感和RNP参数评估样本采集质量。(B)使用H1和RNP参数评估样本采集质量。X轴代表流感A M基因(A)或H1 HA基因(B)的Log10 RNA浓度。Y轴代表RNP的Log10 RNA浓度。一个点代表一个样品的结果。红点代表M医院样本，黄点代表L医院样本，绿点代表N医院样本，蓝点代表P医院样本。样本质量分为A、B、C、D四个等级。

▲图3：不同医院样本采集质量的比较。(A)不同医院甲型流感阳性样本采集质量的比较。(B)不同医院H1阳性样本采集质量比较。蓝条代表A级样本，绿条代表B级样本，红色条代表C级样本，黄色条代表D级样本。

使用naica^®微滴芯片数字PCR系统检测流感样本的病毒载量，研究RNA完整性和样本采集质量，提醒我们，应定期开展样本质量评估，以发现和改进医院样本采集中存在的问题。