微生物重测序

产品简介  

微生物基因组的重测序，是基于小片段文库的高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SV等变异信息，以快捷为特点，系统多方面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

  应用领域

  环境微生物研究；

  海洋微生物研究；

  土壤微生物研究；

  工业微生物研究；

  生物体微生物研究。

  产品优势

  采用主流PacBio+Illumina Hiseq测序平台；

  丰富的项目经验：土壤微生物、动物肠道微生物、农业致病菌等。

  技术路线

内容分析        

     变异检测：准确定位变异位点;

  基本进化分析：构建系统进化树，确定菌株间进化关系;

  地域归属分析：研究菌株的地域传播规律;

  分歧时间估计：讨论菌株支系之间的分化历史;

  选择压力分析：菌株进化过程中的选择压力，揭示与环境相关的关键基因;

  变异基因功能富集：统计变异基因分布规律，寻找变异丰富的功能分类。

  样品要求

  1.样品类型：基因组DNA；

  2.样品需求量：小片段文库≥2 ug，2-3kb文库≥20 ug，5-6kb文库≥20 ug，10kb文库≥30 ug，20和40kb文库≥60 ug；

  3.样品浓度：小片段文库≥30 ng/µl，大片段文库≥50 ng/µl；

  4.样品纯度：OD260/280为1.8-2.0；

  5.电泳要求：主带清晰，无降解或轻度降解。（距送样日最近的电泳结果）

案例分析

裂解酵母基因型及表型的多样性研究

  物种内部的自然变异揭示了基因组进化及功能。裂解酵母（Schizosaccharomyces prombe）是真核生物研究中的重要模式生物，但是对于这个菌株的进化历史，还没有系统的研究。本文汇集了100年内收集到的161株野生裂解酵母，通过重测序的手段，多角度深入挖掘了酵母的进化相关信息，特别是在地理分布、驯化起源、及表型关联方面获得了突破性的进展。研究推断裂解酵母的传播始于公元前340年，而这些菌株的祖先到达美洲的时间大约在公元1623年。本研究对74个性状进行研究，发现大量可遗传的表型多样性。对全基因组进行关联分析，在总计223个性状中，发现89个性状与具体的变异信息存在显着关联。这些显着的变异可以解释多大22%的表型变异，其中indels的效应要高于SNPs。

变异与表型性状的关联分析

微生物重测序信息由南京集思慧远生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于微生物重测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途