胰腺导管腺癌长链 RNA 标志物的开发—Qsep 质控环节不可少

胰腺导管腺癌（PDAC）是全球因癌症死亡的第四大主要原因。早期诊断方法的缺乏延误了 PDAC 治疗的效果。碳水化合物抗原 19 - 9（CA19 - 9）是目前用于PDAC 诊断的主要生物标志物。然而 CA19 - 9 的合并敏感性及对恶性和非恶性肿瘤区分的特异性差，在区分 PDAC 和慢性胰腺炎（CP）之间的特异性不超过 60%，因此寻找可替代的灵敏度高、特异性强的生物标志物刻不容缓。

过去认为细胞外微囊泡（EV）是细胞移除代谢废物、维持细胞内稳态的一种机制，近年来研究揭示 EVs 还是细胞相互交流的一种重要方式。前期研究表明，单个的EV蛋白标志物 GPC1或 GPC1 与其他蛋白标志物如 EGFR、EPCAM、MUC1 和 WNT2 的组合分析，用于诊断 PDAC 具有很高的准确性，表明EVs可以成为人类癌症诊断的生物标志物。最近的研究表明，EVs 中发现了长链 RNA，可能反映其组织起源，因此通过 EVs RNA 测序（RNA-seq）就可能将癌症患者和健康个体分开。EVs中长链 RNA 主要类型有信使 RNA（mRNA）、长链非编码（lncRNA）和环装 RNA（circRNA），但其构成和组成仍然难以捉摸，这主要是因为从血液中分离和纯化出 EVs 中的 RNA 以及 EVs RNA-seq 文库的构建存在固有的困难。

研究人员最近为人血浆的长链 RNA 测序开发了一种优化策略，采用 EVs RNA-seq 的方式开发了基于 EVs 的长链 RNA 分析的 PDAC 检测诊断标志物。方法是对 501 名参与者进行病例对照研究（其中 284 名 PDAC 患者，100 例慢性胰腺炎（CP）患者和117名健康受试者），首先收集受试者的血浆、分离 EVs 和提取 EV RNA。然后构建 EV RNA 文库，采用Qubit及Qsep100进行文库质量控制，最后上机测序分析。将得出的测序结果使用支持向量机算法和训练队列（n = 188）确定诊断标志，并使用内部验证队列（n = 135）和外部验证队列（n = 178）进行验证。开发了一个诊断 PDAC 的标志物，包含 8 个 EV 长链 RNA（FGA，KRT19，HIST1 H2BK，ITIH2，MARCH2，CLDN1，MAL2 和 TIMP1），并且诊断标志显示出很高的准确性。这项研究是第一个表征PDAC血浆EVs的长链RNA特性的研究，并获得腺癌检测的标志物。这种特征可以改善原本会错过治疗的患者的预后 。

此项研究在人类癌症的研究中具有重要的意义，采用测序的方式获得准确的结果，质量控制是必不可少的环节。本文在 RNA 文库质控的过程中采用了 Qubit 和 Qsep100 两款仪器联合进行，其重要性可见一斑。然而 Qubit 只能获得样本的浓度和纯度信息，Qsep100 能够提供不同片段大小的详细信息，亦可进行 smear 分析获得目的片段区间在文库中的占比，从而确定样本文库可否上机；上样简单灵活，对于本研究501个样本文库亦可轻松获得结果；另外，Qsep100 还具有超高的分辨率（可达 1bp）和灵敏度（可达 pg 级别），可如实反映样本的真实情况。Qsep 系列产品在全国被数个科研机构、高校和医院等场所使用，为科学工作者的研究数据提供了更加可靠的保障。目前，国际上使用该设备进行核酸蛋白分析发表了多篇高分论文。

另有科学研究表明，间充质干细胞外泌体（EVs 的一种）具有与间充质干细胞类似的生物学功能，具有修复和再生组织、抑制炎症反应及调节机体免疫等功能。近年来，间充质干细胞外泌体已经被应用到肺部疾病的治疗研究中，包括肺纤维化、肺癌、肺动脉高压、急性呼吸窘迫综合征等。在当前新冠肺炎的研究下，间充质干细胞外泌体也有望应用于临床治疗。要充分了解外泌体的分子机制，核酸分析将提供更加清晰的思路。

本文数据来源于Plasma extracellular vesicle long RNA profiling identifies a diagnostic signature for the detection of pancreatic ductal adenocarcinoma」（Yu S, et al. Gut 2019;0:1–11. doi:10.1136 /gutjnl- 2019 - 318860）