肿瘤基因检测前做好这一步，让你离实验成功近一大步

肿瘤基因检测(即分子靶标检测)是以研究疾病发生、发展过程中细胞分子生物学上的差异为基础，筛选和鉴定与疾病密切相关的蛋白质、核酸等生物大分子作为药物作用的靶点，通过靶向给药实现有效的靶向治疗及个体化治疗。肿瘤分子靶标的出现使得靶标药物能够针对癌细胞本身进行治疗，不会对正常细胞产生重大伤害，缓解患者病痛的同时更带给他们生的希望。自肿瘤基因检测技术应用以来，治疗效果十分显著，得到了越来越多的癌症患者的认可，是极为有前途的个体化治疗方法。
 

高通量测序是目前肿瘤基因检测最为主要的检测手段，其流程一般为 DNA/RNA 提取，DNA/RNA 打断建库，上机测序，其中每一步的样本质量都会直接影响测序的数据量和结果的准确性。因此，样本的质检是高通量测序不可或缺的重要一环。

案列一：天津某医院基因组 DNA 和 Total RNA 样本质控

基因组 DNA 和 Total RNA 样本的质量指标主要是样本的大小及降解程度。Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统不仅可以测得样本大小，而且其 smear 功能可以测出基因组和 Total RNA 样本中小片段占比，以此反映样本的降解程度。另外，Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统的软件内置有基因组和 Total RNA 评分系统，即 DQN 和 RQN 值，该值越接近 10 说明基因组和 Total RNA 的质量越高，直观体现样本质量的同时，还方便用户对大批量样本数据的管理和储存。
 

图 1 基因组 DNA 的质控

注：Zone1 区域是小片段及降解部分， Zone2 区域是大片段部分，结果中可显示降解部分和大片段部分的占比、平均大小以及样本的 DQN 值。

图 2 Total RNA 的质控

案例 2：上海某高校 ctDNA 样本的质控

液体活检是肿瘤基因检测的一个重要分支，是一种非入侵式的血液检测，能监测肿瘤或转移灶释放到血液中的循环肿瘤细胞（CTC）和循环肿瘤 DNA（ctDNA），适用于那些无法通过穿刺和手术获取肿瘤组织的患者。但是一般情况下血液中的 ctDNA 含量很低，因此从血清中提取出的 ctDNA 浓度也很低，通常只有 pg/ul 级别，很难通过传统的电泳方法检测到。然而 Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统具有超高检测灵敏度，最低能检测到 1pg/ul 的样本，不仅能轻松完成 ctDNA 的检测，还能检测样本中是否有大片段污染。

图 3 ctDNA 的质控

案列 3：上海某医院和北京某测序公司文库样本的质控

文库样本最主要的质量指标是样本的平均大小，过大会超过测序仪的读长，过小会导致太多后续的数据拼接，这些都会影响测序结果的准确性。Qsep 系列全自动核酸蛋白分析系统的 smear 功能可以准确计算文库样本的平均大小，另外还能从结果图上看到是否有接头残留，确保上机前文库的质量。
 

图 4 捕获文库样本的质控


图 5 扩增子文库样本的质控


图 6 三代测序样本的质控