基于BD Rhapsody™ 平台的单细胞靶向表达谱（TTA）测序

技术原理

基于 BD Rhapsody^TM 平台的单细胞靶向表达谱（TTA）测序是一种在单细胞水平针对靶向基因进行检测的技术。将 BD RhapsodyTM 平台的单细胞全表达谱（WTA）测序结果导入 BD工作软件中，根据转录组数据对样本进行分群、聚类和差异基因分析，寻找细胞类型的 Marker基因以及额外感兴趣的基因。利用 BD 定制 Panel 的工作软件对所选基因输出一组高质量、特异性强的引物，从而完成靶向 Panel 的制作（图 19）。利用制作好的靶向 Panel 实现对单细胞靶向基因（TTA）的检测（图 20）。 

检测类型 

产品优势 

送样要求 

应用案例 

单细胞转录组全表达谱测序可检测生物体内全转录本信息，但是会丢失一些低丰度转录本
的信息，且价格高昂。而单细胞靶向基因检测（TTA）能够实现对目标基因的定向检测，捕获
低丰度转录本，降低测序成本

BD 平台测试数据 [5]
将成年小鼠肾脏组织全表达谱（WTA）的测序结果导入 BD 定制 Panel 的工作软件，针对分群结果
和目标基因制作靶向 Panel。对 6 只药物处理过的成年小鼠进行靶向 Panel 检测（TTA），发现两
种检测方法对小鼠肾脏的分群结果表现一致，且 TTA 表现出了更高的灵敏性和专一性

材料和方法 

成年小鼠肾脏组织分离 1200 个细胞进行 WTA 测序，并设计定制的靶向 Panel，并对 1000 个细胞进行 TTA 检测
选取 6 只分别用赋形剂和利尿药连续处理一周的成年小鼠的肾组织共 24711 个细胞，利用上述靶向 Panel 进行
TTA 测序（图 21）

● 研究结果
1. 单细胞 TTA 检测发现新的细胞亚群
单细胞全转录组测序结果（WTA）（图 22 左）与靶向基因检测到的细胞类型（图 22 右）比例相似，且在
靶向基因数据中发现了在全转录组数据中没有检测到的细胞亚群（图 22 右箭头所指）。 

2. 6 只小鼠细胞分群及细胞类型变化
细胞分群结果及细胞类型统计结果显示利尿药处理过的样本的细胞类型发生显著变化 ( 图 23)。 

3. 基因表达差异
药物诱导下不同细胞类型的基因表达差异证明了细胞类型对药物治疗的特异性反应（图 24）。 

4. 发现新基因
在小比例亚群中发现了一些新的基因，在药物处理组中高表达。其中一些基因在特定生长因子通路和环
利尿剂诱导之间存在潜在的机制联系。
在 TAL 细胞中，发现高表达基因 Pappa2，此基因编码胰岛素样生长因子的局部调节因子 (IGF) ，且
IGF-1 信号通路与利尿剂诱导的肾元重塑之间存在联系，此发现至关重要（图 25）。  

结论
本实验通过 BD 靶向 Panel 检测到在全谱转录中无法检测的低丰度转录本，提高细胞类型分辨率。发现
了细胞类型特异性基因表达信息和动态变化，降低了单细胞转录组检测成本。  

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