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小白必看1 | 带你走进蛋白质组学

发布时间: 2021-08-02 13:31 来源:上海百趣生物医学科技有限公司

蛋白组学主要以全蛋白组(组织、细胞和器官)、线粒体蛋白组、叶绿体蛋白组和外泌体蛋白组为研究对象,通过对蛋白组进行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析,揭示生物学功能、作用机制、疾病诊断的标志物以及预测蛋白的上、下游变化关系。
蛋白质组学可以克服核酸水平预测的不确定性、反映核酸翻译后修饰情况。


01.常用技术


1. 非靶向蛋白组学
1.1 蛋白质定性(胶条鉴定和溶液鉴定)
1.2 高通量定量蛋白组(Label free、 iTRAQ/TMT 和 DIA 定量)
1.3 多肽组学


2. 靶向蛋白组(PRM 靶向蛋白/肽段定量)


3. 修饰蛋白组学(定量磷酸化修饰组学、定量糖基化修饰蛋白组学、定量乙酰化修饰蛋白组学和定量泛素化修饰蛋白组学)


4. 互作蛋白组学(代谢物与蛋白互作研究)


02.仪器平台


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03.蛋白序列数据库
最常用 Uniport 数据库,第二优先级是 GeneBank/NCBI 数据库,最次选择 RNA sequence 序列信息进行氨基酸转换。


04.搜索软件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant

05.基本流程



06.分析结果展示


1. 基础分析
数据预处理
差异表达蛋白筛选


2. 常规数据分析

主成分分析

火山图分析


层次聚类分析

3.功能分析 

COG 注释分析

亚细胞定位分析

GO 注释富集分析

KEGG 注释富集分析

PPI 网络构建分析

4.修饰蛋白特有分析

Motif 分析

激酶(kinase)预测分析


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