DNA甲基化芯片分析

1. 差异甲基化的筛选
Illumina 450K甲基化芯片
根据不同的情况选择不同的model进行计算：
Illumina Custom Model ，不受样本个数的限制；
Mann-Whitney Model，用于min(Nref,Ncond)<3，或者max(Nref,Ncond)<22；
Equal Variance T-Test Model，用于实验或对照组中至少有两个样本。

2. 非监督聚类
     为了展示甲基化水平在样本中高低甲基化的分布，用甲基化水平的 值来做聚类图的展示。

列表示样本，行表示CpG位点，颜色代表甲基化水平 从0到1的变化（红色为低甲基化，蓝色为高甲基化）

3. 差异甲基化基因的功能分析
     GO-Analysis对差异甲基化基因等按GO分类，并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析，得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致甲基化水平变化的重要功能，并且找到该功能所对应的基因。

4. 差异甲基化基因的pathway分析
     信号通路（Pathway）是多个蛋白质间相互作用，共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG和Biocarta来进行分类，对Pathway中的基因进行基于离散分布的显著性分析，得到与实验目的有显著联系的Pathway 分类,该分类即导致样本性状差异的最重要Pathway。

5. 转录因子预测分析
     通过对差异甲基化区域转录因子的预测，得到调控甲基化的转录因子。

6. 甲基化的染色体分布图

甲基化在各个染色体的分布情况。

7. 甲基化芯片与表达谱芯片联合分析

     甲基化芯片除了常规的散点、差异性分析、聚类、GO和Pathway等都可以做之外，在联合分析上可以画cross_plot来展示与mRNA层面的相关性，找到与甲基化负相关的mRNA。

图中横轴是甲基化，纵轴是表达谱，分别用delta-beta（diffscore）和foldchange来体现上下调，所以左上或者右下象限的是理论上的负相关的点。

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注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途