表观遗传染色体重构因子PCR芯片可用于研究参与染色体修改和染色体重构的识别进而调控染色体转录活性的84个关键基因的表达。许多基因包含依赖于ATP水解酶的染色质重组的结构域。根据其招募额外的域和蛋白质染色质域，激活或抑制转录。染色质域蛋白质识别甲基化组蛋白赖氨酸残留和介导转录抑制。溴结构域蛋白和PHD分别结合乙酰化和甲基化组蛋白分赖氨酸残留物并且协同作用。在此芯片上的其他基因，如抑制增长的(ING)家庭、相关和调控组蛋白乙酰转移酶和脱乙酰酶复合物活性，还有直接与甲基CpG结合的蛋白。在干细胞的发育晚期成为分化细胞，基因表达改变的发生可以用来调控染色体动力学。在肿瘤细胞也展现出相对于正常细胞不同的基因表达谱，这表明在肿瘤生成中染色质修饰和重构的作用。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测参与染色体重构有关的基因表达。
SWI/SNF Complex Components: ARID1A, INO80 (INOC1), PBRM1, SMARCA2, SMARCA4. Polycomb Group Genes: ASXL1, BMI1 (PCGF4), CTBP1, CTBP2, EED, EZH2, PCGF1, PCGF2, PCGF3, PCGF5, PCGF6, PHC1, PHC2, RING1, RNF2, SUZ12, TRIM27. Chromobox / Heterochromatin Protein 1 (HP1) Homologs: CBX1, CBX3, CBX4, CBX5, CBX6, CBX7, CBX8. Bromodomain Proteins: BAZ1A, BAZ1B, BAZ2A, BAZ2B, BPTF, BRD1, BRD2, BRD3, BRD4, BRD7, BRD8, BRDT, BRPF1, BRPF3, BRWD1, WDR11, BRWD3, ZMYND8. Chromodomain / Helicase / DNA-Binding Domain (CHD) Proteins: CDYL, CDYL2, CHD1, CHD2, CHD3, CHD4, CHD5, CHD6, CHD7, CHD8, CHD9. Nucleosome-Remodeling and Histone Deacetylase (NuRD) Complex Components:CHD3, MBD3, MTA1, MTA2, NAB2, SPEN. Plant Homeodomain (PHD) Proteins: NSD1, PHF1, PHF2, PHF3, PHF5A, PHF6, PHF7, PHF13, PHF21A, PHF21B. Inhibitor of Growth (ING) Family Members: ING1, ING2, ING3, ING4, ING5, RING1. Methyl-CpG DNA Binding Domain (MDB) Proteins: MBD1, MBD2, MBD3, MBD4, MECP2, HINFP. CCCTC-Binding Factor (Zinc Finger Protein): CTCF

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