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LncRNA-mRNA整合分析
1.LncRNA简要
LncRNA是一类转录本长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。生物体内含量相相当丰富,约占RNA的4-9%(mRNA约占1-2%)。LncRNA的组织特异性及特定的细胞定位,显示lncRNA受到高度严谨的调控,目前已知其与发育、干细胞维持、癌症及一些疾病相关。虽然近年来随着基因芯片及第二代高通量测序技术的广泛运用,lncRNA不断被发现,但此类转录本的确切功能还未知。目前市场上的lncRNA芯片通常将lncRNA与mRNA设计在一起,RNASeq数据中也包含lncRNA, mRNA序列,因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进行功能注释。
2.分析流程图
3. 分析内容
①计算LncRNA与mRNA表达相关性,根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系对,构建LncRNA与mRNA共表达网络,如下是全局网络
②基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶标基因,对差异表达的lncRNA靶标基因进行功能注释以及功能富集分析,如下是功能富集的GO的Barplot图和差异lncRNA的Heatmap图
③研究lncRNA与mRNA的共表达网络的拓扑学特性,基于度筛选网络拓扑上重要的lncRNA,这些lncRNA极有可能是与研究背景相关的lncRNA,如下是重要lncRNA与mRNA的局部共表达子网络
④客户提供研究背景相关一组基因,根据表达相关性可以找出与这组基因相关的lncRNA,从而构建出感兴趣的共表达网络。通过构建的共表达网络能进一步找到感兴趣的 hub lncRNA。
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注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途