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参考报价: | 面议 | 型号: | ATAC测序------染色质开放性测序技术 |
品牌: | 云序生物 | 产地: | 上海 |
关注度: | 3 | 信息完整度: | |
样本: | 典型用户: | 暂无 | |
供应商性质 | 生产商 | 产地类别 | 国产 |
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ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。这项技术仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,广泛应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。
云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术,其原理为:利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着测序标签的转座酶),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行建库后测序,从而识别染色质的开放区域。
云序优势
实验快速:
实验流程精简,耗时短
样品微量:
细胞量少,适用于临床样本
结果准确:
重复性好,与同类技术及同类测序平台一致性高
信息全面:
获取信息量大(全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱)
一站式服务:
客户只需提供细胞、组织、体液等样品,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。
专业化的生物信息学分析:
云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求。
样品类型及样品量
动物组织(包括真菌)、植物组织(包括藻类)、冻存的细胞样品(基本覆盖所有物种),其它类型样品请详询。
a) 细胞:>1×106
b) 动物组织:>50 mg
c) 植物组织:>500 mg
其它类型样品用量请详询。
样本要求
1. 生物学重复
取样过程中,为了减少人为造成的样品间差异,可以采取如下措施:取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作过程等方面尽可能保持一致,否则会影响实验结果的可重复性和可信度。
2. 样品的保存
用于二代测序、三代测序的组织,取样后,在简单处理并标记后,-80℃冰箱保存,以避免实验操作前样品降解的可能性。
数据分析
1、富集峰(peak)识别
利用流行的MACS软件进行峰识别,默认P < 10-5识别基因组上的ATAC富集峰。
2. 富集峰(peak)长度分布
根据ATAC-seq识别开放区域的DNA片段长度,对富集峰的Count数进行统计。
3. 富集峰(peak)区域的在基因组中的分布
根据注释信息,绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。
4. 样本间差异peak识别
云序生物使用diffReps包进行样本间差异peak的识别。默认筛选标准为FDR<=0.05,具体以报告为准。
5. 样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析
对差异peak相关基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目。
案例解析
案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析
期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23
原文:EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments
本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。最后联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图,并寻找关键的转录因子-靶基因模块,预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。
图1. ATAC-seq与RNA-seq联合分析
案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析
原文:Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility
期刊:Cell 影响因子:31.398
该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺癌细胞之间的差异,从而研究人小细胞肺癌促进癌症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因子在调控肿瘤细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性肿瘤和转移性肿瘤内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能,说明Nfib对促进癌细胞增殖和迁移具有重要的作用。
图2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析
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