CNS新文速递（2022.5.7-5.12）

跨病因和分期的肝细胞癌蛋白质基因组学特征

[Nature Communications, IF = 14.919]

肝细胞癌 (HCC) 的蛋白质组学分析主要集中在早期的乙肝病毒相关HCC。本文中作者提出了跨临床阶段和病因的肝癌蛋白质基因组学分析。细胞周期、转录和翻译控制、信号转导和代谢相关通路在基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组水平上存在失调和差异调节。作者描述了参与上皮间质转化、Wnt-β-catenin、AKT/mTOR和Notch通路、细胞周期和DNA损伤调控的候选拷贝数驱动的驱动基因。CTNNB1和TP53突变分别与肌动蛋白丝组织和脂质代谢相关的蛋白质磷酸化改变有关。整合蛋白质基因组分析表明，HCC由不同的亚群组成，对生物过程、代谢重编程和激酶激活具有不同的调节作用。作者的研究全面概述了HCC的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学特征，揭示了（磷酸化）蛋白质组中发生改变的主要途径。

原文链接：

https://doi.org/10.1038/s41467-022-29960-8

衰老对主动脉蛋白质组的影响

[Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology, IF = 8.311]

衰老会加重大多数慢性疾病病程，但其对健康人的主动脉组织和胸主动脉瘤(TAA)的影响尚不清楚。作者对健康标本和接受TAA手术修复的标本进行了蛋白质组学分析。随后，通过免疫印迹检测了参与线粒体自噬（即Parkin）以及线粒体诱导的炎症通路的蛋白质，特别是TLR（toll样受体）9、STING（干扰素基因的刺激物）和IFN（干扰素）-β 。蛋白质组学分析显示，衰老使得主动脉由健康状态转变成TAA，年轻的主动脉表现出免疫过程富集，而老年主动脉则表现出代谢过程富集。免疫印迹显示：在健康标本中，Parkin的表达与受试者年龄直接相关，但在TAA标本中则与受试者的年龄成反比。无论受试者是否有二尖瓣或三尖瓣，衰老都会对TAA中STING的磷酸化和IFN-β的表达产生影响，而在健康标本中则没有影响。在二尖瓣和TAAs患者中，TLR 9表达与年龄呈正相关，STING的磷酸化与受试者年龄呈负相关，而IFN-β与受试者年龄呈正相关。综上，衰老使人类主动脉蛋白质组从健康状态转变为TAA，导致生物过程的差异调节。

原文链接：

https://doi.org/10.1161/atvbaha.122.317643

综合代谢组学特征确定了门静脉血清代谢组改变与人类肝细胞癌有关

[Gut, IF = 23.059]

代谢产物的改变对肝细胞癌（HCC）的致瘤性具有重要意义。作者对202名受试者的血清（门静脉和中央静脉）、肝组织（HCC肿瘤和邻近的非肿瘤、正常肝脏）和粪便样本进行了非靶向代谢组学分析，并验证了相关代谢物的功能。结果显示：HCC患者和对照个体的血清、肝组织和粪便样本具有不同的代谢物簇，HCC患者的门静脉血清和HCC组织中DL-3-苯乳酸、L-色氨酸、甘胆酸和1-甲基烟酰胺等代谢物的水平显著高于健康对照组，这与肝功能受损和低生存率有关；另一方面，HCC患者门静脉和粪便样本中的亚油酸和苯酚水平低于健康对照组，亚油酸和苯酚可显著抑制HCC增殖，作者推断它们可能是抗肝癌的保护性代谢产物。综上，血清、组织和粪便代谢物的综合代谢组分析揭示了HCC患者的代谢改变。在门静脉中，作者确定了升高和降低的代谢物，表明它们可能在HCC发展中发挥作用。

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https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-325189

宿主和肠道微生物色氨酸代谢与2型糖尿病：队列研究中宿主遗传学、饮食、肠道微生物组和循环代谢物的综合分析

[Gut, IF = 23.059]

色氨酸可通过宿主犬尿氨酸和微生物吲哚途径分解成多种代谢物，本文研究了宿主和微生物色氨酸代谢物与2型糖尿病 (T2D)、宿主遗传学、饮食和肠道微生物群的关系。作者分析了五个队列共9180名参与者的11种色氨酸代谢物循环水平与T2D之间的关联，检查了与这些代谢物相关的宿主全基因组变异、饮食摄入和肠道微生物组情况。结果显示：作者发现了一种宿主功能性LCT变异(决定乳糖酶持久性)和血清吲哚丙酸之间的新关联，这可能与宿主基因-饮食对肠道双歧杆菌的相互作用有关，双歧杆菌是一种与吲哚丙酸显著相关的益生菌，与其他纤维相关细菌无关，仅在乳糖酶不持久的个体中，较高的牛奶摄入量与较高的肠道双歧杆菌和血清吲哚丙酸水平有关。

原文链接：

https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-324053 

肠道微生物群组成与SARS-CoV-2疫苗免疫原性及不良事件有关

[Gut, IF = 23.059]

肠道菌群在调节宿主免疫反应中起关键作用，为此，作者研究了接受灭活疫苗或mRNA疫苗的成人的肠道微生物群组成与免疫反应及不良事件的关系。作者收集了138名COVID-19疫苗接种者的粪便样本进行了宏基因组测序，并测量了免疫标志物。结果发现，与BNT162b2疫苗相比，CoronaVac疫苗接种者的免疫反应显著降低，BNT162b2疫苗接种者中的中和抗体与带有鞭毛和菌毛的细菌总丰度呈正相关。在接种任何一种疫苗后不良事件发生较少的个体中富含普雷沃氏菌和两种巨单胞菌，这表明这些细菌可能在宿主免疫反应中发挥抗炎作用。最终，作者确定了特定的肠道微生物群标志物，这些标志物与COVID-19疫苗后免疫反应的改善及不良事件的减少有关。

原文链接：

https://doi.org/10.1136/gutjnl-2021-326563